您好，关于您提出的“以农村村民户口名义申请宅基地后，第三方私下签协议转让是否违法”的问题，这是一个涉及农村土地管理和法律规定的复杂问题，我将结合相关法律法规和实际案例，为您详细解答。

首先，我们需要明确的是，农村宅基地归村民集体所有，村民只有依法使用的权利，并没有所有权。这意味着，宅基地的使用权是受到严格限制的，不能随意进行转让。

接下来，我们来看具体的法律规定。根据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，任何单位和个人不得侵占、买卖或者以其他形式非法转让土地。虽然土地使用权可以依法转让，但这种转让必须符合法律规定的条件和程序，且不得向本集体经济组织成员以外的人员私自转让。

现在，我们结合一个实际案例来进一步说明这个问题。在澄迈县人民法院调解的两起因宅基地违规转让引发的合同纠纷案件中，原告姐弟二人与被告兄弟二人签订了《宅基地转让协议》，约定被告将宅基地使用权转让给原告。然而，由于原告并非被告所在村集体经济组织成员，根据法律规定，该宅基地使用权无法完成实际交付和权属变更，双方所签合同被判定为无效。这一案例明确告诉我们，私下转让村集体宅基地是违规的，且可能导致合同无效。

那么，如果您已经以农村村民户口名义申请了宅基地，但想要进行转让，应该怎么做呢？正确的做法应该是，首先确保转让行为符合法律规定的条件和程序，比如只能在本集体经济组织成员之间进行转让，且需要经过相关部门的审批和公示等。如果私下与第三方签订转让协议，不仅可能面临合同无效的风险，还可能引发一系列纠纷，维权成本高、风险大。

最后，我想提醒您的是，宅基地关系到村民的切身利益，进行宅基地使用权转让前，务必先了解清楚相关法律法规和政策要求。如果您对具体的转让流程或法律规定有疑问，建议咨询当地的土地管理部门或法律专业人士，以确保您的权益得到合法保障。

希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。