关于二审调查开庭时，我方提供新证据，承办法官及法官助理单独调查是否合法的问题，结论如下：
法官及法官助理单独调查的合法性基础
- 根据我国《刑事诉讼法》及相关司法解释，法官在审理案件过程中，有权根据案件需要，对证据进行调查核实。这包括对证据的收集、固定、保全以及审查判断等环节。法官助理作为法官的助手，在法官的指导下，也可以参与部分调查工作。
- 在二审程序中，如果当事人提供了新的证据，法官为了全面、客观地了解案件事实，有权对这些新证据进行调查核实。这种调查核实可以是在开庭前进行，也可以是在开庭过程中进行，甚至可以在开庭后根据需要进行。
单独调查的合法性条件
- 程序合法性：法官及法官助理的单独调查应当遵循法定程序，包括但不限于通知当事人、告知调查目的、记录调查过程等。如果调查过程违反了法定程序，如未通知当事人到场、未记录调查过程等，那么这种调查可能被视为非法。
- 内容合法性：调查的内容应当与案件事实相关，且不得侵犯当事人的合法权益。如果调查内容超出了案件范围，或者侵犯了当事人的隐私、商业秘密等合法权益，那么这种调查也是不合法的。
- 目的合法性：法官及法官助理的单独调查应当是为了查明案件事实，公正裁判。如果调查目的是为了偏袒一方当事人，或者有其他不正当目的，那么这种调查同样是不合法的。
针对您情况的具体分析
- 在您提到的二审调查开庭中，如果您方提供了新证据，承办法官及法官助理为了核实这些新证据的真实性、合法性和关联性，有权进行单独调查。
- 如果这种调查是在遵循法定程序、内容合法、目的合法的前提下进行的，那么它是合法的。您方应当积极配合法官及法官助理的调查工作，提供必要的协助和说明。
- 如果您认为法官及法官助理的单独调查存在程序违法、内容违法或目的违法的情况，您可以在调查过程中提出异议，并在后续的诉讼程序中寻求救济。
建议与提醒
- 在面对法官及法官助理的单独调查时，您方应当保持冷静、配合的态度，如实提供相关信息和证据。
- 如果您对调查过程或调查结果有异议，可以在调查结束后及时向法官提出，并在后续的诉讼程序中通过合法途径维护自己的权益。
- 如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我会根据您的具体情况，提供专业的法律意见和帮助。