二审民事案件中，法官助理单独开庭一般是不合法的。以下从多个角度进行分析：

一、法律规定与审判程序

根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释的规定，民事案件的开庭审理应当由审判员组成合议庭或者由审判员独任审判，法官助理在审判过程中主要承担辅助性工作，如整理证据、准备庭审提纲、记录庭审情况等，并不具备独立开庭审理案件的法定职权。法官助理单独开庭，违反了法定审判程序，可能影响案件的公正审理。

二、法官助理的角色与职责

法官助理是法官的助手，其职责是协助法官进行案件审理工作，包括但不限于：

1. 审查诉讼材料，提出诉讼争执要点，归纳、摘录证据；
2. 庭前组织交换证据；
3. 代表法官主持庭前调解，达成调解协议的，须经法官审核确认；
4. 办理承担法律援助义务的律师担任辩护人或者指定法定代理人代为诉讼的有关事宜；
5. 接待案件当事人、代理人、辩护人的来访和查阅案卷材料；
6. 依法调查、收集、核对有关证据；
7. 办理委托鉴定、评估、审计等事宜；
8. 协助法官采取诉讼保全措施；
9. 准备与案件审理相关的参考资料；
10. 按照法官要求，准备与案件审理相关的法律条文；
11. 草拟法律文书等。

从上述职责可以看出，法官助理并不具备独立开庭审理案件的能力和职权。

三、实际案例与司法实践

在实际司法实践中，法官助理单独开庭的情况较为罕见，且通常会被视为程序违法。如果法官助理单独开庭，当事人有权提出异议，并要求由合法的审判人员（如审判员或合议庭）重新开庭审理。此外，如果因此导致案件审理结果受到影响的，当事人还可以依法提出上诉或申请再审。

四、建议与注意事项

1. 当事人角度：如果当事人在二审民事案件中发现法官助理单独开庭的情况，应及时向法庭提出异议，并要求由合法的审判人员重新开庭审理。同时，当事人可以保留相关证据，以备后续维权之需。
2. 律师角度：作为律师，在代理二审民事案件时，应密切关注庭审程序是否合法。如果发现法官助理单独开庭等程序违法情况，应及时向法庭提出异议，并为客户争取合法权益。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我会根据你的具体情况，提供专业的法律意见和帮助。