民事纠纷案件在行政庭由法官审理并判决生效，这一做法在一般情况下是不合法的，但存在特定例外情形。以下从不同角度为你详细分析：
一、一般情况：民事纠纷案件不应由行政庭审理
审判庭设置与职能划分：
- 在我国法院体系中，审判庭通常根据案件性质进行划分，如民事审判庭、刑事审判庭、行政审判庭等。
- 民事审判庭负责审理民事纠纷案件，如合同纠纷、婚姻家庭纠纷、侵权纠纷等。
- 行政审判庭则主要负责审理行政诉讼案件，即公民、法人或其他组织认为行政机关的行政行为侵犯其合法权益而提起的诉讼。
民事纠纷案件的性质：
- 民事纠纷案件是平等主体之间因财产关系或人身关系产生的争议。
- 这类案件的处理应遵循民事法律规范，如《民法典》等。
审判程序与规则：
- 民事纠纷案件应适用民事诉讼法规定的审判程序和规则。
- 行政庭法官通常不具备审理民事纠纷案件的专业背景和经验，可能无法准确适用民事法律规范。
二、特定例外情形：民事纠纷案件可能由行政庭审理
行政附带民事诉讼：
- 在某些情况下，行政诉讼案件可能附带民事诉讼，如行政处罚案件中，被处罚人可能同时提起行政赔偿请求。
- 此时，行政庭法官在审理行政诉讼案件的同时，也会对附带的民事诉讼进行审理。但这种情况下的民事诉讼部分，仍应遵循民事法律规范和审判程序。
特定类型的民事纠纷与行政行为紧密相关：
- 如土地权属争议、房屋拆迁补偿争议等，这些纠纷虽然本质上属于民事纠纷，但往往与行政机关的行政行为紧密相关。
- 在某些地区或特定情况下，法院可能根据实际需要，将这类案件交由行政庭审理。但这种情况较为特殊，且需遵循相关法律规定和审判程序。
法院内部机构调整或临时安排：
- 在极少数情况下，由于法院内部机构调整或临时安排，民事纠纷案件可能暂时由行政庭审理。
- 但这种情况应视为临时性措施，且需确保审理过程符合民事法律规范和审判程序的要求。
三、法律建议与风险提示
对于当事人：
- 如果发现自己的民事纠纷案件被错误地交由行政庭审理，应及时向法院提出异议，要求将案件移送至民事审判庭。
- 在诉讼过程中，应充分了解并遵循民事法律规范和审判程序的要求，确保自己的合法权益得到保障。
对于法院：
- 法院应严格遵循审判庭设置与职能划分的原则，确保民事纠纷案件由民事审判庭审理。
- 在特定情况下需要行政庭审理民事纠纷案件时，应制定明确的规则和程序，确保审理过程的合法性和公正性。
风险提示：
- 如果民事纠纷案件被错误地交由行政庭审理，可能导致审理过程不符合民事法律规范和审判程序的要求，从而影响案件的公正处理。
- 当事人可能因此面临合法权益受损的风险，如赔偿请求得不到支持、诉讼权利受到限制等。
总结来说，民事纠纷案件在行政庭由法官审理并判决生效，在一般情况下是不合法的。但存在特定例外情形时，可能由行政庭审理。如果你遇到类似情况，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。