城镇居民租用农民自建房的合法性需分情况讨论，具体如下：

1. 农民自建房符合规划且取得合法产权证书的情况

   • 合法性分析：若农民自建房符合当地城乡规划要求，并已取得房屋产权证书（如不动产权证），则该房屋属于合法建筑。在此情况下，城镇居民与农民签订的房屋租赁合同，只要合同内容合法、双方意思表示真实，且不存在其他违法情形（如违反强制性规定、损害社会公共利益等），则该租赁合同合法有效。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》第七百零三条：“租赁合同是出租人将租赁物交付承租人使用、收益，承租人支付租金的合同。”以及第七百零四条：“租赁合同的内容一般包括租赁物的名称、数量、用途、租赁期限、租金及其支付期限和方式、租赁物维修等条款。”只要合同内容符合上述规定，且租赁物为合法建筑，则合同有效。

2. 农民自建房未取得合法产权证书或违反规划的情况

   • 合法性分析：若农民自建房未取得合法产权证书，或违反当地城乡规划要求（如未取得建设工程规划许可证或未按照规划许可证的规定进行建设），则该房屋可能被认定为违法建筑。在此情况下，城镇居民与农民签订的房屋租赁合同可能因租赁物违法而无效。
   • 法律依据：根据《最高人民法院关于审理城镇房屋租赁合同纠纷案件具体应用法律若干问题的解释》第二条：“出租人就未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定建设的房屋，与承租人订立的租赁合同无效。但在一审法庭辩论终结前取得建设工程规划许可证或者经主管部门批准建设的，人民法院应当认定有效。”以及第三条：“出租人就未经批准或者未按照批准内容建设的临时建筑，与承租人订立的租赁合同无效。但在一审法庭辩论终结前经主管部门批准建设的，人民法院应当认定有效。”

3. 特殊情形下的合法性考量

   • 集体土地使用权限制：农民自建房通常位于集体土地上，而集体土地的使用权受到一定限制。城镇居民作为非集体经济组织成员，可能无法直接取得集体土地上的房屋使用权。然而，若租赁行为符合当地政策规定（如某些地区允许城镇居民在特定条件下租赁农村房屋用于居住或经营），且已办理相关手续（如备案登记等），则该租赁行为可能被认定为合法。
   • 政策导向与地方规定：不同地区对农民自建房租赁的政策导向和地方规定可能存在差异。因此，在判断城镇居民租用农民自建房的合法性时，还需考虑当地的具体政策规定和地方性法规。

法律建议：

• 在签订租赁合同前，城镇居民应要求农民出示房屋产权证书或相关规划许可文件，以确认房屋的合法性。
• 若房屋存在违法情形或产权纠纷，城镇居民应谨慎签订租赁合同，以免陷入法律纠纷。
• 在签订租赁合同时，双方应明确约定租赁物的名称、数量、用途、租赁期限、租金及其支付期限和方式等条款，并遵守相关法律法规和政策规定。
• 若对租赁合同的合法性或条款内容存在疑问，城镇居民可咨询专业律师或相关部门以获取法律意见和帮助。

可能法律后果：

• 若租赁合同因租赁物违法而无效，城镇居民可能面临无法继续使用房屋、租金损失等风险。
• 若因租赁合同无效而产生纠纷，双方可能需通过诉讼或仲裁等方式解决争议，并承担相应的法律责任和费用。