针对您提出的“自主实习只盖章被学校发现怎么处理”的问题，这确实是一个涉及学生实习纪律和学校管理规定的重要议题。以下是我根据相关学校实习管理规定和一般处理原则，为您提供的详细解答：
首先，需要明确的是，自主实习并非可以随意进行，而是需要遵循学校的相关规定和流程。如果学生在自主实习过程中仅通过盖章等方式来应付学校的实习要求，而没有真正参与实习活动，这很可能构成违规行为。
一、违规行为的认定
未真实参与实习：学生如果未按照学校要求真实参与实习活动，仅通过盖章等方式来证明实习经历，这将被视为未完成实习任务或虚假实习。
违反实习纪律：学校通常会制定明确的实习纪律和规定，要求学生严格遵守。如果学生自主实习只盖章，很可能违反了这些纪律和规定。
二、可能面临的后果
批评教育：对于初次违规或情节较轻的学生，学校可能会给予批评教育，要求学生认识到错误并改正。
纪律处分：如果学生违规情节较为严重或多次违规，学校可能会根据相关规定给予纪律处分，如警告、严重警告、记过等。这些处分将记录在学生的档案中，可能对学生的学业和未来发展产生不良影响。
实习成绩不及格：由于学生未真实参与实习活动，学校可能会认定其实习成绩不及格，需要重新参加实习或进行补考。
更严重的后果：在极端情况下，如果学生的违规行为涉及违法或严重违反学校规定，学校可能会给予更严厉的处分，如开除学籍等。
三、建议与措施
主动承认错误：如果学生已经意识到自己的违规行为，建议主动向学校承认错误，并表达改正的意愿。这有助于减轻学校的处分力度。
积极配合调查：学校可能会对学生的违规行为进行调查。学生应积极配合学校的调查工作，提供真实的情况说明和证据。
重新参与实习：如果学校允许，学生可以申请重新参与实习活动，以真实完成实习任务并获得实习成绩。
加强自我约束：学生应加强自我约束，严格遵守学校的实习纪律和规定，确保未来不再发生类似违规行为。
四、学校实习管理规定的参考
不同学校可能会有不同的实习管理规定和处罚措施。例如，东阿县职业教育中心学校就制定了详细的《学生实习违纪违规处理办法》，其中明确规定了对于违规违纪学生的处理办法和程序。四川省教育厅等八部门也印发了《四川省职业学校学生实习管理实施细则》，对职业学校学生实习管理工作提出了明确要求。
综上所述，自主实习只盖章被学校发现后，学生可能面临批评教育、纪律处分、实习成绩不及格等后果。因此，我建议学生严格遵守学校的实习纪律和规定，真实参与实习活动，以确保自己的学业和未来发展不受影响。如果已经发生违规行为，应主动承认错误并积极配合学校的调查和处理工作。