结论：在起诉撤销小区业主大会决议并要求业委会到期后由居委会代为履职的案件中，被告的确定需根据具体情况分析，一般可能涉及业主大会、业主委员会或相关责任主体。以下是对此问题的详细分析：

一、被告确定的基本原则

在民事诉讼中，被告是指被原告指控侵犯其民事权益或与其发生民事权益争议，而由法院通知应诉的人。在撤销小区业主大会决议并要求业委会到期后由居委会代为履职的案件中，被告的确定需遵循以下原则：

1. 直接侵权原则：若业主大会的决议直接侵犯了原告的合法权益，且该决议的作出是业主大会的行为，则业主大会可作为被告。但需注意，业主大会本身并非法律实体，其决议通常通过业主委员会执行，因此在实际操作中，可能需将业主委员会作为共同被告或实际被告。

2. 责任主体原则：若业主委员会在决议的作出或执行过程中存在过错，如未依法召开业主大会、未依法表决等，导致决议违法或侵犯原告权益，则业主委员会应作为被告。

3. 居委会代为履职的特殊性：关于业委会到期后由居委会代为履职的问题，这通常涉及地方性法规或政府规章的规定。若相关法规或规章明确规定了居委会在业委会到期后的代为履职职责，且居委会未履行或履行不当导致原告权益受损，则居委会也可能成为被告。但需注意，这种情况下的被告确定需结合具体法规或规章的内容进行分析。

二、具体情境下的被告确定

1. 若决议直接由业主大会作出且侵犯原告权益：

   • 被告：业主大会（实际操作中可能需将业主委员会作为共同被告或实际被告，因为业主大会的决议通常通过业主委员会执行）。
   • 理由：业主大会作为决议的作出主体，直接侵犯了原告的合法权益。

2. 若业主委员会在决议的作出或执行过程中存在过错：

   • 被告：业主委员会。
   • 理由：业主委员会作为决议的执行主体或决议作出的参与主体，其过错行为导致决议违法或侵犯原告权益。

3. 若涉及居委会代为履职且居委会未履行或履行不当：

   • 被告：居委会（需结合具体法规或规章的内容进行分析）。
   • 理由：若相关法规或规章明确规定了居委会在业委会到期后的代为履职职责，且居委会未履行或履行不当导致原告权益受损，则居委会应作为被告。

三、法律建议

1. 收集证据：在起诉前，原告应充分收集证据，包括业主大会的决议、业主委员会的会议记录、相关法规或规章等，以证明被告的侵权行为或过错行为。

2. 咨询专业律师：由于此类案件涉及复杂的法律关系和地方性法规或政府规章的适用，建议原告在起诉前咨询专业律师，以获取更准确的法律意见和诉讼策略。

3. 明确诉讼请求：在起诉时，原告应明确诉讼请求，包括撤销业主大会的决议、要求业主委员会或居委会承担相应的法律责任等。

如有任何进一步的问题或需要更具体的法律建议，请直接向我咨询。