针对您提出的问题，即公司规定请病假需要三甲医院证明，但您只能开具二甲医院证明的情况，以下是我的详细解答：
首先，我们需要明确的是，用人单位虽然有权对员工的病假进行管理，但要求员工必须提交三甲医院的病假证明这一规定，是缺乏明确法律依据的。在日常医疗管理中，随着医疗保险制度的建立和完善，医疗费用负担主体已经由用人单位转为社会保险体系中的医保基金。因此，用人单位强行要求劳动者前往指定医院（如三甲医院）就诊的前提已不存在。
实际上，凡是经卫生行政主管部门核准具有资质的医疗机构，并由具有治疗、处方资质的医疗人员进行的诊疗行为，其合法性和权威性都应当被确认。这意味着，二甲医院作为具有相应资质的医疗机构，其开具的病假证明同样具有法律效力。
当然，用人单位有权对存疑的病假证明提出质疑，并可以要求员工提供进一步的医疗证明或解释。但是，患病劳动者也享有根据病情轻重缓急程度、便利情况、参考以往的病例治疗需要以及专业信任度来选择合适的医院就诊的权利。
针对您目前的情况，我建议您采取以下步骤：
与公司沟通：首先，您可以与公司的人力资源部门或相关负责人进行沟通，解释您只能开具二甲医院证明的原因，并询问公司是否可以接受二甲医院的病假证明。
提供额外证明：如果公司仍然坚持要求三甲医院的证明，您可以考虑提供二甲医院的详细病历、诊断报告等额外医疗证明，以增强您病假证明的可信度。
了解公司政策：同时，您也可以仔细查阅公司的规章制度或员工手册，了解公司对于病假证明的具体要求，以及是否有相关的申诉或复议机制。
寻求法律帮助：如果公司坚持不接受您的二甲医院证明，并且您认为公司的规定侵犯了您的合法权益，您可以考虑咨询专业的劳动法律师或相关机构，以获取更具体的法律建议和帮助。
总之，虽然公司有权对员工的病假进行管理，但要求员工必须提交三甲医院的病假证明这一规定并不合理。您有权根据自己的实际情况选择合适的医院就诊，并开具相应的病假证明。希望以上解答能对您有所帮助。