结论：二审法官助理担任法庭记录书记员不出庭却在判决书上署名的行为，一般是不合法的。下面从不同角度进行详细分析：
从法律规定角度
- 书记员的职责与出庭要求
- 根据《中华人民共和国人民法院组织法》以及相关诉讼法的规定，书记员是审判工作的事务性辅助人员，负责法庭审理记录等具体工作。在庭审过程中，书记员应当出庭，如实、准确地记录庭审活动，包括各方当事人的陈述、举证质证情况、辩论意见等。这是确保庭审记录完整、真实，保障诉讼程序公正的重要环节。
- 如果法官助理以书记员身份参与案件，同样需要遵循这一基本要求，出庭进行记录工作。不出庭而直接在判决书上署名，违背了书记员应履行出庭记录职责的法律规定。
- 判决书的署名规定
- 判决书是人民法院对案件审理后作出的具有法律效力的文书，其署名具有严格的法律规定和程序要求。判决书上署名的人员应当是实际参与案件审理、对案件事实认定和法律适用作出判断的人员。
- 书记员虽然在案件审理中承担事务性工作，但其在判决书上署名主要是表明其参与了庭审记录等工作，是对庭审记录真实性和完整性的确认。然而，这种确认的前提是书记员实际出庭进行了记录。若未出庭，就没有履行相应的记录职责，也就没有在判决书上署名的合法依据。
从诉讼程序公正角度
- 保障当事人诉讼权利
- 诉讼程序的公正要求保障当事人的各项诉讼权利，包括对庭审活动的知情权、参与权等。书记员出庭记录，能够确保当事人的陈述、辩论等意见被准确记录下来，为当事人后续的上诉、申诉等提供真实的依据。
- 如果书记员不出庭，当事人可能无法确认庭审记录是否真实反映了自己的意见和庭审情况，这可能会损害当事人的诉讼权利，影响诉讼程序的公正性。在这种情况下，书记员在判决书上署名，无法体现其对庭审记录真实性的保障，也违背了诉讼程序公正的原则。
- 维护司法权威
- 司法权威的树立依赖于司法程序的公正、公开和透明。判决书作为司法裁判的最终体现，其制作过程和署名情况应当符合法律规定和程序要求。
- 二审法官助理担任书记员不出庭却在判决书上署名，这种不规范的行为可能会让当事人和社会公众对司法裁判的公正性和合法性产生质疑，从而损害司法权威。
特殊情况分析
虽然一般情况下二审法官助理担任法庭记录书记员不出庭却在判决书上署名是不合法的，但也存在一些特殊情况需要考量。例如，在某些紧急情况下，书记员因不可抗力的原因无法出庭，但通过其他合法方式（如远程视频记录等）完成了庭审记录工作，且这种记录方式得到了当事人的认可和法院的准许。在这种情况下，书记员在判决书上署名可能具有一定的合法性。不过，这种情况需要严格的程序保障和证据支持，以确保庭审记录的真实性和完整性。
建议：如果您遇到了二审法官助理担任法庭记录书记员不出庭却在判决书上署名的情况，且认为这可能影响了您的合法权益或对案件的公正性产生了质疑，您可以向作出判决的法院提出异议，要求法院对相关情况进行说明和纠正。如果您需要进一步的法律帮助，有问题可以直接向我咨询，我会根据具体情况为您提供专业的法律意见和解决方案。