协议中约定滞纳金在符合一定条件下是合法的。以下是对这一问题的详细分析：

一、滞纳金的性质与实质

在民事合同中，双方约定的“滞纳金”本质上往往是对违约行为的一种经济制裁，类似于违约金的性质。它旨在促使债务人及时履行义务，并弥补债权人因延迟履行而遭受的损失。只要这种约定是双方真实意思的表示，且不违反法律的强制性规定，即为合法有效。

二、合法性条件

1. 民事行为能力：根据《中华人民共和国民法典》第一百四十三条，行为人需具有相应的民事行为能力，这是合同有效的前提之一。因此，订立合同时，当事人双方都必须具备相应的民事行为能力。
2. 真实意思表示：同样依据《中华人民共和国民法典》第一百四十三条，合同应基于双方的自愿和真实意愿签订，不存在欺诈、胁迫等情形。这意味着，滞纳金的约定必须是双方真实意思的表示。
3. 合法合规性：合同内容不得违反法律、行政法规的强制性规定，也不得违背公序良俗。这是《中华人民共和国民法典》第一百四十三条所明确要求的。因此，滞纳金的约定必须合法合规，不得违反相关法律法规的规定。
4. 数额的合理性：根据《中华人民共和国民法典》第五百八十五条，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金。然而，如果约定的违约金过分高于造成的损失，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。因此，滞纳金的数额应合理，不得过高以至于违反公平原则或相关法律法规。

三、特定领域的适用

在税收、水电气等公用事业费用收缴中，基于公共管理和服务的需要，相关部门或单位可以依据法律法规设定滞纳金条款。此类情况下，滞纳金带有一定的行政强制色彩，旨在督促当事人按时履行缴费义务。然而，在普通平等民事主体间的合同中，应避免使用“滞纳金”这一术语，因其可能引发混淆。在此类合同中，建议使用“违约金”等更为恰当的表述。

四、不合法的情况

1. 违反法律强制性规定：如滞纳金数额过高，超出合理范围，可能被视为违反法律的公平原则和相关规定。
2. 主体不适格或缺乏法定授权：非行政机关或无法律赋予收取“滞纳金”权力的主体在合同中约定此条款，可能因缺乏法定依据而无效。

五、建议与注意事项

1. 明确约定：双方在签订合同时应明确约定滞纳金的数额及计算方式，以避免后续争议。
2. 合理设置：应合理设置滞纳金的数额或比例，避免过高而被认定为显失公平。
3. 寻求法律帮助：如有任何疑问或担忧，建议直接向我咨询，以确保合同条款的合法性和有效性。

举例说明：假设甲乙双方签订了一份买卖合同，约定如果乙方未按时支付货款，需按日支付未付款项千分之五的滞纳金。如果这一约定是双方真实意思的表示，且不违反相关法律法规的规定，同时滞纳金的数额也合理，那么这一约定就是合法的。然而，如果滞纳金的数额过高，超出了合理范围，那么这一约定可能会被视为无效或部分无效。

综上所述，协议中约定滞纳金在符合一定条件下是合法的。但双方当事人在签订合同时应谨慎考虑各项因素，确保合同的公平性、合理性和合法性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。