结论：签署的一家劳动合同，但由另一家公司上五险一金和发工资，这种做法是否合法，需根据具体情况来判断，不一定不合法，但可能存在法律风险。以下从不同角度进行分析：
一、合法情形
关联公司或集团内部安排：
- 如果签署劳动合同的公司与实际缴纳五险一金和发放工资的公司是关联公司或同一集团内的企业，且这种安排是基于集团内部的管理或财务需要，同时确保了员工的合法权益（如五险一金的缴纳基数、比例等符合法律规定，工资按时足额发放），那么这种做法可能是合法的。
劳务派遣或外包关系：
- 在劳务派遣或外包关系中，员工可能与一家公司（派遣单位或外包单位）签订劳动合同，但实际工作在另一家公司（用工单位）进行。此时，派遣单位或外包单位负责员工的五险一金缴纳和工资发放，用工单位则负责员工的工作管理和安排。如果这种关系符合劳务派遣或外包的相关法律规定，那么这种做法也是合法的。
二、不合法情形及风险
规避法律责任：
- 如果这种安排是为了规避法律责任，如通过降低五险一金缴纳基数来减少企业负担，或者通过延迟发放工资来损害员工权益，那么这种做法是不合法的。员工有权要求企业按照法律规定缴纳五险一金和发放工资，并可以向相关部门投诉或寻求法律援助。
未明确告知员工：
- 如果企业在与员工签署劳动合同时，未明确告知员工五险一金的缴纳和工资发放将由另一家公司负责，或者未提供充分的解释和说明，导致员工在不知情的情况下签署了合同，那么这种做法可能构成欺诈或误导，员工有权要求企业承担相应的法律责任。
违反税收和社保法规：
- 如果这种安排违反了税收和社保法规的相关规定，如未按照规定申报和缴纳税款、未按照规定缴纳五险一金等，那么企业将面临税务和社保部门的处罚，员工也可能因此受到损失。
三、法律建议
审查合同条款：
- 员工在签署劳动合同时，应仔细审查合同条款，特别是关于五险一金缴纳和工资发放的部分。如果合同中未明确说明或存在模糊之处，应及时向企业提出询问并要求明确答复。
保留相关证据：
- 员工应保留与劳动合同、五险一金缴纳和工资发放相关的所有证据，如合同文本、工资条、社保缴纳记录等。这些证据在后续可能发生的纠纷中将成为重要的维权依据。
寻求法律援助：
- 如果员工发现企业的做法存在违法情形或损害了自己的合法权益，应及时向相关部门投诉或寻求法律援助。作为专业律师，我可以根据具体情况为员工提供法律咨询和维权服务。
最后，签署的一家劳动合同但由另一家公司上五险一金和发工资的做法是否合法，需根据具体情况来判断。员工在签署合同时应仔细审查合同条款并保留相关证据，如发现企业存在违法情形或损害了自己的合法权益，应及时寻求法律援助。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。