结论：发包方与分公司签订施工合同后又转包给无资质的公司，该转包合同通常会被认定为无效。下面我将从多个角度为你详细分析：
法律背景与依据
转包行为的违法性：
- 根据《中华人民共和国民法典》第七百九十一条规定：“承包人不得将其承包的全部建设工程转包给第三人或者将其承包的全部建设工程支解以后以分包的名义分别转包给第三人。禁止承包人将工程分包给不具备相应资质条件的单位。禁止分包单位将其承包的工程再分包。建设工程主体结构的施工必须由承包人自行完成。”
- 这意味着，转包行为本身是违法的，特别是当转包给无资质的公司时，更是违反了法律的强制性规定。
合同无效的情形：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一百五十三条规定：“违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效。但是，该强制性规定不导致该民事法律行为无效的除外。违背公序良俗的民事法律行为无效。”
- 由于转包给无资质的公司违反了法律的强制性规定，因此该转包合同通常会被认定为无效。
实际施工中的法律后果
合同无效的后果：
- 一旦转包合同被认定为无效，那么该合同自始没有法律约束力。这意味着，发包方和转包方（即原承包人）之间关于转包的约定将不再受法律保护。
- 对于实际施工人（即无资质的公司）而言，其可能无法依据转包合同向发包方或转包方主张工程款等权益。但实际施工人仍有权依据相关法律规定，向转包方或发包方主张因实际施工而产生的合理费用。
行政处罚与刑事责任：
- 除了合同无效外，发包方和转包方还可能面临行政处罚，如罚款、没收违法所得等。
- 在某些情况下，如果转包行为涉及严重违法或犯罪，相关责任人还可能承担刑事责任。
特殊情况与例外
- 虽然转包给无资质的公司通常会导致合同无效，但也有一些特殊情况或例外。例如，如果实际施工人虽然无资质，但已经实际完成了大部分或全部工程，并且工程质量合格，那么在实际施工人主张工程款时，法院可能会根据具体情况作出相应判决。但这种情况并不改变转包合同本身的无效性。
建议与措施
对于发包方：
- 在签订施工合同时，应严格审查承包人的资质和信誉，确保承包人具备相应的施工能力和资质。
- 避免将工程转包给无资质的公司或个人，以降低法律风险。
对于承包人（转包方）：
- 应遵守法律法规，不得将工程转包给无资质的公司或个人。
- 如果确实需要分包部分工程，应确保分包单位具备相应资质，并签订合法的分包合同。
对于实际施工人（无资质公司）：
- 应认识到无资质施工的法律风险，尽量避免承接无资质要求的工程。
- 如果已经承接了此类工程，应尽快与发包方或转包方协商解决，或寻求法律途径维护自身权益（但需注意，这并不改变转包合同本身的无效性）。
最后，如果你在实际施工中遇到了类似问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我会根据你的具体情况，为你提供专业、全面的法律建议。