结论：一个协议一式五份，只有两份签字盖章，该协议在特定条件下仍然具有法律效力，但也可能因具体情况而存在效力争议。以下从多个角度进行详细分析：

1. 协议效力的基本原则：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，依法成立的合同，自成立时生效，但是法律另有规定或者当事人另有约定的除外。这意味着，只要协议内容合法、双方意思表示真实，且不存在其他无效情形，协议即应具有法律效力。
   • 签字盖章是合同成立的重要形式要件，它表明双方对合同内容的认可和接受。然而，签字盖章的形式并非绝对，关键在于双方是否真正达成了合意。

2. 一式五份协议中部分签字盖章的情况：

   • 有效情形：如果虽然只有两份协议签字盖章，但这两份协议能够代表双方的真实意思表示，且其他未签字盖章的协议副本与这两份内容一致，那么可以认为协议已经成立并生效。因为签字盖章的协议副本已经足够证明双方对合同内容的认可。
   • 争议情形：如果未签字盖章的协议副本与已签字盖章的副本存在内容差异，或者双方对未签字盖章的副本存在争议，那么就可能引发关于协议效力的争议。此时，需要结合其他证据（如双方交易习惯、沟通记录等）来判断双方的真实意思表示。

3. 实际操作中的建议：

   • 确保所有副本内容一致：在签订协议时，应确保所有副本的内容完全一致，以避免后续因内容差异而引发的争议。
   • 尽量完善签字盖章手续：虽然部分签字盖章的协议可能具有法律效力，但为了确保协议的严谨性和避免潜在风险，建议尽量完善所有副本的签字盖章手续。
   • 保留相关证据：在签订和履行协议过程中，应保留好与协议相关的所有证据（如沟通记录、付款凭证等），以便在发生争议时能够证明自己的主张。

4. 可能面临的法律后果：

   • 如果协议被认定为有效，那么双方应按照协议约定履行各自义务。如果一方不履行义务，另一方有权要求其承担违约责任。
   • 如果协议被认定为无效或存在效力争议，那么双方可能需要通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式来解决争议，并可能面临因此产生的额外成本和风险。

总结与建议：一个协议一式五份，只有两份签字盖章，其法律效力并非绝对。为了确保协议的严谨性和避免潜在风险，建议尽量完善所有副本的签字盖章手续，并保留好与协议相关的所有证据。如果在实际操作中遇到相关问题或争议，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。