协议一式两份但是双方只签了一份，这份协议依然可能是有效的。具体分析如下：

1. 实际履行构成默认
   如果双方都认可并实际按照这份已签署的协议履行各自义务，那么协议是有效的。因为双方的实际履行行为构成了对协议内容的默认和遵守。例如，甲乙双方签订了一份买卖合同，虽然只签了一份，但双方都按照合同约定交付了货物和支付了货款，那么这份合同就是有效的。

2. 内容合法且意思表示真实
   即使形式上不符合一式两份的要求，只要协议内容不违反法律法规的强制性规定，不存在欺诈、胁迫等可撤销情形，且双方意思表示真实，那么这份协议也是有效的。比如，一份租赁合同，虽然只签了一份，但合同内容合法，双方都是自愿签订的，那么这份合同就具有法律效力。

3. 证据留存存在风险
   不过，从证据角度看，只签一份协议存在一定风险。若日后发生纠纷，仅有一份协议可能在证明协议内容及双方权利义务时不够充分。比如，对方可能否认协议中的某些条款，而单份协议难以有力反驳。因此，为了避免潜在风险，最好还是按照常规一式两份的要求签署协议，确保双方都持有一份完整协议，以便在需要时能更好地维护自身权益。

法律建议：

• 如果可能，尽量补签另一份协议，确保双方各执一份，降低后续纠纷中的举证风险。
  
• 若无法补签，建议通过其他方式（如邮件、短信等）确认协议内容，并保留相关证据。
  
• 在协议履行过程中，注意保存履行证据（如交货单、付款记录等），以备不时之需。

法律依据：
根据《民法典》相关规定，合同生效应当具备下列要件：

1. 合同的双方当事人应该具备完全的民事责任能力和民事行为能力；
   
2. 双方当事人都是根据自己的真实意思表示；
   
3. 订立的合同不违法，不违背社会公序良俗，不损害社会公共利益；
   
4. 法律规定该法律行为需要登记等形式的，还需要满足其形式才能够具备法律效力。

因此，只要协议满足上述生效要件，即使只签了一份，也是有效的。但为了降低风险，建议尽量按照常规一式两份的要求签署协议。如果有任何法律问题，可以直接向我咨询。