结论：一式四份的协议仅签了一份，其效力需根据具体情况来判断，不一定无效，但可能存在一定风险。以下从不同角度进行分析：
协议的形式与生效要件
- 协议的形式通常不是决定其效力的关键因素，关键在于协议内容是否符合法律规定的生效要件。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，依法成立的合同，自成立时生效，但是法律另有规定或者当事人另有约定的除外。这意味着，只要协议内容合法、双方意思表示真实且没有违反法律强制性规定，即使只签了一份，协议本身在签订双方之间仍然是有效的。
- 然而，一式多份的协议通常是为了方便各方留存和履行。如果协议中明确约定了需要各方签字确认且各执一份作为生效条件，那么仅签一份可能不符合协议约定的生效要件，从而影响协议的效力。但这种情况较为少见，且需要具体协议内容来判定。
实际履行与协议效力的关系
- 即使协议只签了一份，如果双方已经按照协议内容实际履行了各自的义务，那么这通常被视为对协议内容的认可和接受。在这种情况下，即使协议形式上存在瑕疵（如只签了一份），也不影响其实质效力。
- 例如，如果双方签订了一份买卖合同，虽然只签了一份，但买方已经支付了货款，卖方也交付了货物，那么这份合同在双方之间就是有效的。
风险与防范
- 仅签一份协议可能存在一定的风险，比如一方可能否认协议的存在或内容，导致纠纷时难以证明。为了降低这种风险，建议双方在签订协议时尽量按照约定的份数签署，并各自留存一份原件。
- 如果确实因为特殊原因只能签署一份协议，那么可以考虑采取其他措施来证明协议的存在和内容，比如通过电子邮件、短信或微信等电子方式确认协议内容，或者邀请第三方见证人见证签署过程等。
建议：
- 在签订协议时，尽量按照约定的份数签署，并各自留存一份原件，以降低潜在风险。
- 如果已经发生了只签一份协议的情况，且担心其效力问题，可以与对方协商补充签署或采取其他措施来证明协议的存在和内容。
- 如果遇到纠纷或需要法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律意见和帮助。