结论：证券公司未通知用户调整佣金利率，用户能否申请赔偿需视具体情况而定，包括双方合同约定、证券公司是否履行了通知义务以及用户是否因此遭受了实际损失等。
详细分析：
合同约定：
- 首先，需要查看用户与证券公司签订的开户协议或相关服务合同中，是否有关于佣金利率调整及通知义务的明确约定。如果合同中明确规定了证券公司在调整佣金利率前需通知用户，而证券公司未履行这一义务，则可能构成违约。
证券公司的通知义务：
- 即便合同中没有明确约定，根据《中华人民共和国合同法》（现《中华人民共和国民法典》合同编）的相关规定，证券公司在调整佣金利率等可能影响用户权益的重要事项时，也应履行合理的通知义务。如果证券公司未履行这一义务，且用户能够证明因此遭受了实际损失，用户有权要求证券公司承担相应的赔偿责任。
用户实际损失：
- 用户需要证明因证券公司未通知调整佣金利率而遭受了实际损失。这通常包括用户因不知情而继续按照原佣金利率交易，导致多支付了佣金费用等。用户应保留相关交易记录、佣金支付凭证等证据，以便在需要时提供证明。
赔偿范围与计算：
- 如果用户能够证明证券公司未通知调整佣金利率且因此遭受了实际损失，赔偿范围通常限于用户因此多支付的佣金费用。具体计算公式可能因情况而异，但一般可按照以下方式计算：赔偿金额 = 调整后的佣金利率与原佣金利率的差额 × 用户在此期间的交易量。需要注意的是，这里的交易量应是指因不知情而继续按照原佣金利率交易的部分。
法律程序与建议：
- 如果用户认为证券公司未履行通知义务且因此遭受了损失，建议首先与证券公司进行协商，尝试通过友好方式解决争议。如果协商无果，用户可以向证券监管机构投诉或寻求法律援助，通过法律途径维护自己的合法权益。
特殊情况说明：
- 如果证券公司能够证明其已通过合理方式（如公告、邮件、短信等）通知了用户调整佣金利率，但用户因自身原因（如未查看邮件、短信等）而未能及时知晓，则证券公司可能不承担赔偿责任。
- 另外，如果合同中明确规定了证券公司在调整佣金利率前无需通知用户，或者用户明确表示放弃要求证券公司通知的权利，则证券公司可能不构成违约。
总结与建议：
- 证券公司未通知用户调整佣金利率，用户能否申请赔偿需根据具体情况判断。建议用户首先查看合同约定，并保留相关交易记录和佣金支付凭证等证据。
- 如果用户认为证券公司未履行通知义务且因此遭受了损失，建议及时与证券公司协商或寻求法律援助，以维护自己的合法权益。
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