运输公司向车主收取旅游客运包车牌收费是否合法，需分情况讨论：
若收费有合法依据且合理：
- 合法依据：如果运输公司与车主之间的合同中明确约定了旅游客运包车牌的收费项目、标准及方式，并且这一约定不违反国家法律法规的强制性规定，那么该收费行为是合法的。例如，合同中可能规定，由于包车牌的申请、管理、维护等需要成本，因此车主需承担一定费用。
- 合理性：收费金额应当合理，与运输公司提供的服务成本相匹配。如果收费过高，可能构成不公平交易，车主有权提出异议。
若收费无合法依据或不合理：
- 无合法依据：如果运输公司与车主之间的合同中没有约定旅游客运包车牌的收费项目，或者约定不明确，而运输公司却擅自收费，那么这一行为可能构成违法。车主可以拒绝支付，并有权要求运输公司退还已收取的费用。
- 不合理性：即使合同中有约定，但如果收费金额明显不合理，超出了正常服务成本的范围，车主同样可以提出异议。在这种情况下，车主可以与运输公司协商调整收费标准，或者通过法律途径解决争议。
法律背景与建议：
- 法律背景：根据《中华人民共和国合同法》的相关规定，合同双方应当遵循公平、诚实信用的原则订立和履行合同。任何一方不得利用自己的优势地位或者对方的无经验、缺乏判断力等情形，订立显失公平的合同。
- 建议：
- 车主角度：在签订合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于收费项目的约定。如果发现合同中有不明确或不合理的地方，应及时与运输公司沟通并协商修改。如果运输公司擅自收费或收费过高，车主可以拒绝支付，并保留相关证据以便通过法律途径维护自己的权益。
- 运输公司角度：应确保合同条款的合法性和合理性，避免擅自收费或设置不合理的收费标准。如果确实需要收取费用，应在合同中明确约定，并确保收费金额与服务成本相匹配。
可能的法律后果：
- 如果运输公司的收费行为被认定为违法或不合理，车主有权要求运输公司退还已收取的费用，并可能要求运输公司承担因此造成的损失。
- 在极端情况下，如果运输公司的行为构成欺诈或强迫交易等违法行为，还可能面临行政处罚或刑事责任。
总结与进一步思考：
运输公司向车主收取旅游客运包车牌收费是否合法，取决于合同中的约定以及收费的合理性和合法性。车主在签订合同时应仔细阅读合同条款，确保自己的权益不受侵害。如果遇到争议或问题，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律建议。