结论：在先是已缺乏罪证为由裁定不予立案，被撤销指令立案受理后，又以缺乏罪证为由驳回起诉，这一行为是否合法，需分情况讨论，一般情况下，若法院在重新审查后确实认为缺乏罪证，其驳回起诉的行为是合法的；但若存在程序违法或事实认定错误，则该行为可能不合法。

分析说明：

1. 合法情形：

   • 法律依据：根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，法院在受理案件后，有权对案件进行审查，若认为案件缺乏罪证，不符合起诉条件，可以裁定驳回起诉。
   • 程序合法性：在初次裁定不予立案后，若上级法院或相关机关认为原裁定有误，指令立案受理，这并不意味着案件必然成立。法院在重新立案后，仍需对案件进行全面审查，包括证据的充分性、犯罪事实的清晰度等。若审查后认为确实缺乏罪证，法院有权依法驳回起诉。
   • 事实认定：法院在驳回起诉时，应基于充分的事实认定和法律分析。若法院能够提供充分的证据证明案件缺乏罪证，且该认定符合法律规定和司法实践，则其驳回起诉的行为是合法的。

2. 不合法情形：

   • 程序违法：若法院在驳回起诉的过程中存在程序违法，如未依法进行审查、未听取当事人意见、未依法送达相关法律文书等，则该行为可能不合法。
   • 事实认定错误：若法院在驳回起诉时，对案件事实的认定存在错误，如错误地认为缺乏罪证，而实际上证据充分、犯罪事实清晰，则该行为可能不合法。在这种情况下，当事人可以依法提出上诉或申诉，要求法院重新审查案件。

行动建议：

• 对于当事人：若您遇到此类情况，首先应仔细审查法院驳回起诉的裁定书，了解法院驳回起诉的具体理由和依据。若您认为法院的裁定存在错误或违法，可以依法提出上诉或申诉，要求法院重新审查案件。同时，您也可以咨询专业律师，获取更详细的法律建议和帮助。
• 对于法院：法院在驳回起诉时，应严格遵守法律规定和司法程序，确保案件的审查全面、客观、公正。若法院认为案件缺乏罪证，应提供充分的证据和理由支持其裁定，避免给当事人造成不必要的困扰和损失。

法律后果：

• 若法院驳回起诉的行为合法，则案件将终结，当事人需接受该结果。
• 若法院驳回起诉的行为不合法，则当事人有权依法提出上诉或申诉，要求法院重新审查案件。若上级法院或相关机关认为原裁定有误，可能会撤销原裁定，指令法院重新审理或直接改判。