工厂限速罚5000元是否违法，需分情况讨论：

1. 从罚款的合法性角度分析

   • 若工厂并非行政机关或法律法规授权的组织：根据我国现行法律，只有行政机关或法律法规明确授权的组织才有权对违法行为进行罚款。工厂作为企业，并不具备这样的行政处罚权。因此，工厂自行对员工进行罚款，尤其是高达5000元的罚款，是违法的。员工有权拒绝支付，并可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的权益。
   • 若工厂依据内部规章制度进行罚款：即使工厂有内部规章制度规定了限速及相应的罚款措施，但如果这些规章制度未经民主程序制定、未公示或未告知员工，或者罚款金额明显不合理、过高，那么这些规章制度也是无效的。员工同样有权拒绝支付罚款，并可以通过法律途径来维护自己的权益。

2. 从罚款的合理性角度分析

   • 罚款金额是否合理：即使工厂有权进行罚款（实际上在大多数情况下工厂并无此权），罚款金额也应当合理。5000元的罚款对于一般员工来说可能是一笔不小的数目，如果工厂不能证明员工的行为给工厂造成了如此巨大的损失，那么这样的罚款金额显然是不合理的。
   • 罚款是否与员工行为相适应：罚款应当与员工的行为相适应，不能过度惩罚。如果员工只是轻微违反了限速规定，并未造成严重后果，那么工厂对其进行高额罚款显然是不恰当的。

3. 法律建议

   • 对于员工：如果工厂对你进行了不合理的罚款，你可以首先与工厂进行协商，要求撤销或降低罚款金额。如果协商无果，你可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的权益。
   • 对于工厂：建议工厂在制定内部规章制度时，要遵循民主程序、公示告知员工，并确保规章制度的合法性和合理性。同时，工厂在处罚员工时，也要确保处罚措施与员工的行为相适应，避免过度惩罚。

总结来说，工厂限速罚5000元在大多数情况下是违法的，因为工厂并不具备行政处罚权，且罚款金额可能过高、不合理。如果你遇到了这样的情况，建议及时咨询专业律师（即我本人，黄重斌律师，专注于工伤赔偿、离婚、合同纠纷、房产纠纷、交通事故、刑事辩护领域），以便更好地维护自己的权益。