工厂上班因违章操作罚个人5000元，这一行为是否合法，需根据具体情况进行细致分析。以下是对此问题的全面解读：

合法性分析

1. 无明确规章制度或规章制度未公示：

   • 若工厂未通过民主程序制定并向员工公示的规章制度，或规章制度中未明确规定因违章操作罚款的情形及额度，则罚款5000元缺乏制度支撑，属于不合法行为。

2. 规章制度内容违法：

   • 即便工厂有罚款制度，但若该制度内容违反法律法规，如罚款后导致员工工资低于当地最低工资标准，则此罚款行为同样不合法。根据《工资支付暂行规定（1994年版）》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。

3. 缺乏事实依据：

   • 若工厂无法提供确凿证据证明员工存在违章操作行为，仅凭主观判断进行罚款，则此行为缺乏事实依据，属于不合法罚款。

4. 违反《劳动法》规定：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。因此，若无正当理由，工厂不得随意罚款。

合法的情况

1. 符合法律规定及规章制度：

   • 工厂需依法制定完善且合理的规章制度，并经过民主程序向员工公示。规章制度中应明确规定具体违章操作行为对应的罚款情形和额度。

2. 有明确的事实依据：

   • 工厂需有充分证据证明员工确实实施了规章制度中明确列举的违章操作行为，如监控视频、工作记录等有效证据。

3. 遵守赔偿规定：

   • 如因员工违章操作给工厂造成经济损失，工厂可按照劳动合同的约定要求员工赔偿经济损失，但赔偿金额需符合上述《工资支付暂行规定（1994年版）》第十六条的限制条件。

维权途径

若员工认为工厂罚款行为不合法，可通过以下途径维护自身权益：

1. 与工厂沟通协商：

   • 首先尝试与工厂进行沟通，要求其说明罚款依据，并出示相关规章制度和证据。

2. 向劳动监察部门投诉：

   • 若协商无果，可向当地劳动监察部门投诉举报，请求劳动监察部门介入调查并处理。

3. 申请劳动仲裁：

   • 若投诉未能解决问题，员工可依法向有管辖权的劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求裁决工厂罚款行为不合法并返还罚款。

4. 提起劳动诉讼：

   • 若仲裁结果仍不满意，员工可依法向人民法院提起劳动诉讼，通过司法途径维护自身合法权益。

总结来说，工厂上班因违章操作罚个人5000元是否合法，需综合考虑多个因素，包括是否有明确的规章制度依据、规章制度是否合法、是否有确凿的事实依据以及罚款行为是否符合相关法律法规。员工在面对不合法罚款时，应充分了解相关法律法规，并采取适当措施维护自身合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。