当人社局（人力资源和社会保障行政部门）对公司的违法行为进行调查后，其处理方式会根据调查结果和违法行为的性质、情节等因素来综合决定。以下是一些可能的处理方式，供您参考：

1. 行政处罚决定： 如果公司违反了劳动保障法律、法规或规章，且依法应当受到行政处罚，人社局会依法作出行政处罚决定。这可能包括罚款、没收违法所得、责令停产停业、吊销许可证等措施，具体取决于违法行为的严重程度和法律规定。

2. 责令改正或行政处理决定： 对于应当改正但未改正的违法行为，人社局会依法责令公司改正，或者作出相应的行政处理决定。这可能包括要求公司补发工资、补缴社会保险费、恢复劳动者权益等，以确保公司的行为符合法律法规的要求。

3. 撤销立案： 如果公司的违法行为情节轻微，且已经及时改正，人社局可能会考虑撤销立案。这意味着公司不会受到进一步的行政处罚，但已经改正的违法行为仍会被记录在案，作为公司守法情况的参考。

4. 移送有关部门处理： 如果人社局在调查过程中发现违法案件不属于其管辖范围，即不属于劳动保障监察事项，它会及时将案件移送至有关部门处理。这确保了案件能够得到专业、有效的处理。

5. 移送司法机关： 如果公司的违法行为涉嫌犯罪，人社局会依法将案件移送至司法机关进行刑事处理。这体现了法律对严重违法行为的严厉打击和制裁。

此外，人社局还可能根据具体情况采取其他措施，如组织开展劳动保障守法诚信制度建设、建立欠薪等“黑名单”制度、负责全国有重大影响的劳动保障违法案件的社会公布工作等，以加强对公司劳动保障行为的监督和管理。

总的来说，人社局对公司的违法行为进行调查后，会根据调查结果和违法行为的性质、情节等因素来综合决定处理方式。公司应积极配合人社局的调查工作，及时改正违法行为，以维护自身的合法权益和良好的社会形象。