核心结论：针对工程分包约定3%费用但对方多扣钱的情况，您可以通过核查合同条款、收集证据、协商解决、投诉举报或法律诉讼等途径来维护自身权益。以下是具体分析：

1. 核查合同条款：

   • 首先，您需要仔细审查与对方签订的工程分包合同，特别是关于费用扣除的条款。确认合同中是否明确约定了3%的扣除比例，以及是否有其他可能导致费用增加的条款。
   • 如果合同中确实只约定了3%的扣除比例，而对方却扣除了更多费用，那么对方的行为可能构成了违约。

2. 收集证据：

   • 在确认对方违约后，您需要开始收集相关证据，以证明对方确实多扣了费用。这些证据可以包括合同文本、付款记录、发票、沟通记录等。
   • 特别是要保留好与对方就费用扣除问题进行沟通的记录，如邮件、短信、微信聊天记录等，这些记录可能成为后续维权的关键证据。

3. 协商解决：

   • 在收集到足够证据后，您可以尝试与对方进行协商，要求对方退还多扣的费用。在协商过程中，您可以出示相关证据，以支持您的主张。
   • 如果对方同意退还费用，那么问题可能得到圆满解决。如果对方拒绝退还或协商无果，那么您可能需要考虑采取其他法律手段。

4. 投诉举报：

   • 如果您认为对方的行为涉嫌违法或违规，您可以向相关行业主管部门或监管机构进行投诉举报。这些机构可能会对对方进行调查，并根据调查结果采取相应的行政措施。
   • 投诉举报时，您需要提供详细的证据和情况说明，以便相关机构能够准确了解问题并作出处理。

5. 法律诉讼：

   • 如果协商和投诉举报都无法解决问题，那么您可能需要考虑通过法律诉讼来维护自身权益。在提起诉讼前，您需要准备好相关证据和诉讼材料，并咨询专业律师以获取法律建议。
   • 在诉讼过程中，您需要按照法院的要求进行举证和辩论，以证明对方确实多扣了费用，并要求法院判决对方退还多扣的费用及可能产生的利息或违约金等。