核心结论：关于父亲有盖房指标、女儿出钱盖房后继承父母宅基地相关权益的协议撰写，关键在于明确各方权利义务、产权归属及继承安排，以下从不同角度为你详细说明。

协议主体内容要点

1. 明确盖房出资情况
   • 在协议中要清晰写明女儿为盖房所投入的具体资金数额、资金来源（例如是自有资金、银行贷款等）以及出资方式（是一次性出资还是分期出资等）。比如“女儿[女儿姓名]于[具体日期]以自有资金人民币[X]元，一次性支付给父亲[父亲姓名]，用于在[宅基地具体位置]的盖房工程”。
   • 同时，可以约定如果后续盖房过程中出现资金追加情况的处理方式，例如追加资金的比例分担、决策程序等。
2. 确定房屋产权归属
   • 这是协议的核心内容之一。需要明确盖好的房屋产权是归父亲所有、女儿所有还是双方按份共有。如果归父亲所有，要说明女儿出资的性质，比如是借款还是赠与；如果是按份共有，要明确各自所占的份额比例，例如“房屋建成后，父亲[父亲姓名]拥有 60%的产权，女儿[女儿姓名]拥有 40%的产权”。
   • 若涉及宅基地使用权，由于宅基地使用权一般归农村集体经济组织成员所有，通常以户为单位，要明确女儿是否具有该集体经济组织成员资格以及在宅基地使用方面的权利和义务。如果女儿不具有成员资格，要说明其基于出资对房屋享有的权益与宅基地使用权的关联情况。
3. 约定继承相关事项
   • 继承主体：明确在父亲去世后，哪些人有资格继承该房屋及相关权益。可以按照法定继承的顺序进行约定，也可以指定特定的继承人。例如“在父亲[父亲姓名]去世后，该房屋由女儿[女儿姓名]继承，其他法定继承人放弃继承权”。
   • 继承方式：说明是采用遗嘱继承还是法定继承，以及继承的具体程序和条件。如果是遗嘱继承，要明确遗嘱的形式和生效条件；如果是法定继承，要按照相关法律规定确定各继承人的份额。
   • 特殊情况处理：考虑一些特殊情况，如父亲在世时房屋被征收、拆迁等情况下的补偿分配问题，以及女儿在父亲生前对房屋的维护、管理等情况对继承的影响等。例如“若房屋在父亲[父亲姓名]在世期间被征收，征收补偿款按照父亲 60%、女儿 40%的比例进行分配”。

协议撰写注意事项

1. 遵循法律法规：协议内容必须符合国家法律法规的规定，尤其是关于农村宅基地使用、房屋产权登记、继承等方面的法律法规。例如，农村宅基地的使用权不得非法转让，协议中涉及宅基地使用权的处分要符合相关规定。
2. 条款清晰明确：协议条款要表述准确、清晰，避免使用模糊、歧义的词汇和语句。对于关键的权利义务、产权归属、继承安排等内容，要进行详细、具体的约定，防止日后产生纠纷。
3. 双方自愿协商：协议的签订必须是父亲和女儿双方自愿、平等协商的结果，不存在欺诈、胁迫等情形。在签订协议前，双方要充分沟通，明确各自的意愿和需求。
4. 公证或见证：为了提高协议的效力和可信度，可以考虑对协议进行公证或邀请第三方见证。公证机构可以对协议的真实性、合法性进行审查和证明，见证人可以在协议签订过程中起到监督和证明的作用。

示例协议框架（仅供参考）

《盖房出资及房屋继承协议》

甲方（父亲）：[父亲姓名]，身份证号：[父亲身份证号码]，住址：[父亲住址] 乙方（女儿）：[女儿姓名]，身份证号：[女儿身份证号码]，住址：[女儿住址]

鉴于甲方拥有位于[宅基地具体位置]的盖房指标，乙方愿意出资在该宅基地上盖房，为明确双方权利义务，经平等协商，达成如下协议：

一、盖房出资

1. 乙方于[具体日期]以[出资方式]向甲方提供盖房资金人民币[X]元。
2. 若后续盖房过程中需要追加资金，双方应协商一致，并按照[具体比例或方式]分担追加资金。

二、房屋产权归属

1. 房屋建成后，产权归[明确产权归属方，如甲方或双方按份共有]，其中甲方拥有[X]%的产权，乙方拥有[X]%的产权。
2. 乙方基于出资对房屋享有的权益，不因宅基地使用权的限制而受到影响。

三、继承安排

1. 在甲方去世后，该房屋由[指定继承人]继承，其他法定继承人放弃继承权。
2. 若房屋在甲方在世期间被征收、拆迁，征收补偿款按照甲方[X]%、乙方[X]%的比例进行分配。

四、其他条款

1. 本协议自双方签字（或盖章）之日起生效。
2. 本协议一式两份，甲乙双方各执一份，具有同等法律效力。

甲方（签字/盖章）：__________________ 日期：___年_月____日

乙方（签字/盖章）：__________________ 日期：___年_月____日

如果你还有其他关于这份协议的具体问题，或者需要进一步优化协议内容，欢迎随时向我咨询。