结论：在款项打到母公司，但由子公司出具借款手续的情况下，能否起诉母公司，需根据具体情况来判断，主要涉及合同相对性原则、实际借款关系以及可能的表见代理等法律因素。以下从不同角度进行分析：

1. 合同相对性原则：

   • 法律解释：根据合同法的相关规定，合同具有相对性，即合同的权利义务主要约束合同双方当事人。在此情况下，若借款手续（如借款合同、借条等）是由子公司出具，且未明确表明母公司为共同借款人或担保人，那么从合同相对性原则出发，起诉母公司可能缺乏直接的法律依据。
   • 建议：首先审查借款手续的具体内容，确认合同双方是否明确为子公司与出借人，以及是否有涉及母公司的条款。

2. 实际借款关系：

   • 法律解释：尽管借款手续由子公司出具，但如果实际借款关系（如资金流向、使用情况等）与母公司有密切关联，且出借人能够证明母公司实际参与了借款行为或从中受益，那么出借人可能有权基于实际借款关系起诉母公司。
   • 建议：收集并整理相关证据，如转账记录、通信记录、会议纪要等，以证明母公司实际参与了借款行为或从中受益。

3. 表见代理或职务行为：

   • 法律解释：如果子公司员工在出具借款手续时，以母公司的名义或代表母公司进行，且出借人有理由相信该员工具有代理权或该行为属于职务行为，那么根据表见代理或职务行为的相关规定，出借人可能有权起诉母公司。
   • 建议：审查借款手续的签署过程，确认子公司员工是否以母公司的名义进行，以及出借人是否基于合理信赖而认为该员工具有代理权或该行为属于职务行为。

4. 公司法人格否认：

   • 法律解释：在特定情况下，如母公司滥用公司法人独立地位和股东有限责任，逃避债务，严重损害公司债权人利益的，债权人可以请求法院否认公司的独立人格，要求母公司对子公司的债务承担连带责任。
   • 建议：如果怀疑母公司存在滥用公司法人独立地位和股东有限责任的行为，可以收集相关证据，并考虑向法院提起公司法人格否认之诉。

综合建议：

• 在决定是否起诉母公司之前，建议出借人首先审查借款手续的具体内容，确认合同双方以及是否有涉及母公司的条款。
• 收集并整理相关证据，以证明母公司实际参与了借款行为、从中受益或存在滥用公司法人独立地位和股东有限责任的行为。
• 考虑咨询专业律师，以便更准确地评估案件的法律风险和可行性，并制定合适的诉讼策略。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。