结论：是否可以起诉子公司，取决于多个因素，包括协议的具体内容、款项的性质、子公司与总公司之间的关系以及相关法律规定等。以下从不同角度进行分析：

一、协议内容与款项性质

1. 协议明确约定：如果与总公司签订的协议中明确约定了款项应打入子公司账户，并且该协议也明确了子公司作为收款方应承担的责任和义务，那么在这种情况下，如果子公司未按照协议履行相关义务，您是有权起诉子公司的。因为子公司作为协议的一方，应当受到协议条款的约束。

2. 款项性质与用途：如果款项是特定用途的，比如用于子公司的某个项目或业务，且该用途在协议中有明确约定，那么子公司作为款项的实际接收方和使用方，如果未按照约定使用款项或未履行相关义务，您同样可以起诉子公司。

二、子公司与总公司之间的关系

1. 独立法人地位：子公司是独立法人，具有独立的民事权利能力和民事行为能力。因此，如果子公司因接收款项而产生了相应的法律责任，您可以直接起诉子公司，要求其承担相应的法律责任。

2. 总公司与子公司的关联关系：虽然子公司是独立法人，但如果总公司对子公司存在过度控制或操纵，导致子公司无法独立行使民事权利、承担民事责任，那么在这种情况下，您可能需要考虑将总公司和子公司列为共同被告，以更全面地维护自己的权益。不过，这需要根据具体情况和法律规定来判断。

三、相关法律规定

1. 合同相对性原则：根据合同法的相关规定，合同具有相对性，即合同只对签订合同的双方具有约束力。因此，如果与总公司签订的协议中并未明确约定子公司的责任和义务，那么您可能无法直接起诉子公司，而只能起诉总公司。

2. 法律责任的承担：如果子公司因接收款项而产生了法律责任，且该责任无法由总公司承担或总公司无法完全承担时，您有权根据法律规定和协议约定，要求子公司承担相应的法律责任。

四、建议与措施

1. 审查协议内容：首先，建议您仔细审查与总公司签订的协议内容，明确协议中关于款项支付、责任承担等方面的约定。

2. 收集证据材料：其次，收集与款项支付、子公司使用款项以及子公司未履行相关义务等相关的证据材料，以便在起诉时提供有力的支持。

3. 咨询专业律师：最后，由于法律问题具有复杂性和专业性，建议您在起诉前咨询专业律师的意见，以便更准确地判断自己的权益和起诉的可行性。

总结：是否可以起诉子公司取决于多个因素的综合考虑。如果您认为自己的权益受到了侵害，且符合起诉条件，那么您可以考虑通过法律途径来维护自己的权益。在处理此类问题时，请务必谨慎行事，并咨询专业律师的意见。如果您有任何进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，请直接向我咨询。