核心结论：针对您在主管部门上班却由下属单位发工资的情况，若认为自身权益受到侵害，可通过以下途径维权，具体需结合实际情况判断。

1. 确认劳动关系归属
   首先需明确您与主管部门还是下属单位存在劳动关系。根据《劳动合同法》第七条，劳动关系自用工之日起建立，关键在于实际用工管理主体（如考勤、工作安排、考核等）。若实际由主管部门管理，仅工资由下属单位代发，可能构成“委托代发工资”关系，劳动关系仍属主管部门；若下属单位实际参与用工管理（如签订劳动合同、缴纳社保等），则可能构成双重劳动关系或事实劳动关系。
   建议：收集劳动合同、工资条、社保记录、工作安排通知等证据，明确用工主体。若劳动关系归属主管部门，下属单位代发工资不违法，但需确保工资足额支付；若劳动关系归属下属单位，则需进一步核查用工合规性。

2. 核查工资支付合规性
   若劳动关系归属主管部门，但工资由下属单位支付，需核查以下问题：

   • 代发协议：主管部门与下属单位是否签订书面代发协议，明确工资标准、支付方式及责任划分；
     
   • 工资标准：下属单位支付的工资是否低于主管部门与您约定的标准，或低于当地最低工资标准；
     
   • 税费扣除：下属单位是否依法代扣代缴个人所得税及社保个人部分。
     建议：若发现工资被克扣、拖欠或未依法纳税，可向主管部门或下属单位提出书面异议，要求补发工资或补缴税费；若协商无果，可向当地劳动监察部门投诉（依据《劳动保障监察条例》第十一条），或申请劳动仲裁（依据《劳动争议调解仲裁法》第二条）。

3. 处理社保与福利问题
   若劳动关系归属主管部门，但社保由下属单位缴纳，需核查社保缴费基数是否与工资一致，避免“低缴社保”损害权益。若劳动关系归属下属单位，则需确认其是否按实际工资标准缴纳社保。
   建议：通过社保查询系统或向社保部门申请信息公开，核实缴费基数。若发现违规，可要求单位补缴；若单位拒绝，可向社保部门举报（依据《社会保险法》第八十二条），或通过劳动仲裁主张权益。

4. 应对潜在法律风险

   • 双重劳动关系风险：若您同时与主管部门、下属单位存在劳动关系，需确认是否违反单位规章制度或劳动合同约定（如“禁止兼职”条款）。若单位以此为由解除合同，可能需支付赔偿金（依据《劳动合同法》第四十八条）；
     
   • 税务合规风险：若下属单位未依法代扣代缴个税，您可能面临税务机关追缴税款及滞纳金的风险（依据《税收征收管理法》第六十九条）。
     建议：梳理与两单位的协议及用工记录，评估风险；若单位存在违法用工行为，可依据《劳动合同法》第三十八条主张被迫解除劳动合同，并要求经济补偿。

行动建议：

1. 优先通过书面形式（如邮件、函件）与主管部门、下属单位沟通，明确劳动关系及工资支付责任；
   
2. 收集并保存所有与用工相关的证据（如合同、工资条、考勤记录、工作邮件等）；
   
3. 根据证据情况，选择向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁或提起诉讼；
   
4. 若涉及复杂法律问题（如双重劳动关系认定、税务合规等），可进一步向我咨询具体操作方案。