核心结论：您购买二手车后因涉及刑事案件被公安机关扣押，要追回车款需分情况处理，关键在于确认车辆权属及卖方行为性质，以下是具体分析：
一、若车辆为赃物或卖方无权处分（如盗抢车、抵押车未解押）
法律关系
根据《民法典》第311条，若卖方通过盗窃、诈骗等非法手段取得车辆，或车辆存在抵押、查封等权利限制且未告知您，其处分行为可能构成无权处分或欺诈。此时您与卖方的买卖合同可能因违反法律强制性规定或欺诈而无效或可撤销。
追回车款路径
- 刑事追赃程序：若车辆被认定为赃物，公安机关会依法追缴并返还原车主。您需向公安机关提交购车合同、付款凭证等证据，主张自己为“善意第三人”（即不知情且支付合理对价）。若符合《民法典》第312条善意取得条件，您可能优先取得车辆所有权；若不符合，则需通过民事诉讼向卖方追偿。
- 民事诉讼：若卖方明知车辆权属有问题仍出售，您可起诉卖方要求解除合同、返还购车款，并主张赔偿损失（如交通费、诉讼费等）。若卖方涉嫌诈骗，您可同时向公安机关报案，追究其刑事责任。
二、若车辆权属清晰，但因刑事案件被临时扣押（如卖方涉案但车辆为合法财产）
法律关系
若车辆本身权属无争议（如卖方因其他犯罪被调查，但车辆为其合法财产），公安机关扣押属于侦查措施。待案件终结后，车辆会依法返还卖方，此时您与卖方的买卖合同仍有效，但卖方因客观原因无法履行交付义务。
追回车款路径
- 协商解除合同：与卖方协商解除买卖合同，要求其返还购车款。若卖方同意，可签订书面协议并留存转账记录等证据。
- 起诉解除合同并退款：若卖方拒绝退款，您可起诉要求解除合同，并依据《民法典》第563条（因对方违约导致合同目的无法实现）主张退款。若卖方已失联或无偿还能力，您可申请法院强制执行，但需注意其财产状况。
三、关键行动建议
- 立即收集证据：保存购车合同、付款凭证（转账记录、收据）、车辆行驶证、卖方身份信息等，证明交易真实性及您已履行付款义务。
- 联系公安机关：向扣押车辆的公安机关说明情况，提交证据，询问车辆性质（是否为赃物、涉案原因）及处理进度。
- 咨询律师：根据车辆性质及卖方情况，律师可协助您制定诉讼策略（如起诉卖方或申请刑事附带民事赔偿），并代表您与公安机关、卖方沟通。
总结：您能否追回车款取决于车辆权属及卖方行为性质。若车辆为赃物或卖方无权处分，需通过刑事追赃或民事诉讼主张权利；若车辆权属清晰但因案件被扣押，可协商或起诉解除合同退款。建议尽快收集证据并咨询律师，以制定具体方案。