因案件被扣押的车辆，公安机关交通管理部门应当妥善保管，以备核查。案件处理完毕后，会根据具体情况对车辆进行相应处理。具体分析如下：

一. 车辆扣押与处理程序

1. 扣押原因：根据《中华人民共和国道路交通安全法》第七十二条，因收集交通事故证据的需要，公安机关交通管理部门可以扣留事故车辆。
2. 保管义务：公安机关交通管理部门扣留车辆后，应当妥善保管，以备核查。这确保了车辆在扣押期间不会受到损坏或丢失。
3. 处理流程：案件处理完毕后，公安机关交通管理部门会根据事故责任认定结果和车辆情况，对车辆进行相应处理。如果车辆与案件无关或责任已经明确，通常会及时返还车主。

二. 特殊情况处理

• 如果车辆涉及其他违法犯罪行为（如赌博等），则可能需要根据相关法律规定进行进一步处理，如收缴、拍卖等。例如，根据《中华人民共和国治安管理处罚法》的相关规定，赌具和直接用于实施违反治安管理行为的工具应当被收缴。

三. 建议与后续行动

• 保持沟通：建议车主或相关当事人与公安机关交通管理部门保持密切联系，了解案件处理进展和车辆扣押情况。
• 法律咨询：如果案件复杂或涉及较大利益，可以考虑咨询专业律师，了解自身权益和可能的法律后果。
• 及时取回：一旦案件处理完毕且车辆不再需要作为证据，应及时取回车辆，避免长时间扣押带来的不便和损失。

我的观点：因案件被扣押的车辆，车主应耐心等待公安机关交通管理部门的处理，并主动了解案件进展和车辆扣押情况。如有进一步需要，您可以继续咨询我。