若您的车被当作作案工具扣押，您有权依法主张权利，具体处理方式如下：

1. 核实扣押的合法性
   根据《刑事诉讼法》第141条，公安机关在侦查活动中可查封、扣押与案件有关的财物。您需先确认扣押是否基于合法程序：

   • 扣押机关是否出示了法律文书（如《扣押决定书》）；
     
   • 扣押物品是否与案件直接相关（如车辆是否用于运输违禁品、作案工具等）；
     
   • 扣押程序是否符合规定（如是否当场清点、制作清单并由您签字）。
     若扣押程序违法，您可向扣押机关提出书面异议，要求立即返还车辆；若未获回应，可向其上级机关或同级检察院申请立案监督。

2. 区分车辆性质与责任范围

   • 若您明知车辆被用于犯罪（如故意提供车辆运输毒品）：车辆可能被依法没收，您可能面临共犯或帮助犯的刑事责任。
     
   • 若您不知情或无过错（如车辆被盗用、被他人借走用于犯罪）：车辆属于“无辜第三方财产”，扣押机关应在案件终结后及时返还。
     关键点：您需提供证据证明自身无过错（如报警记录、车辆使用记录、证人证言等），以支持返还请求。

3. 主张权利的具体途径

   • 刑事阶段：向办案机关（如公安局、检察院）提交《返还财物申请书》，说明车辆与案件无关或您无过错，要求返还。
     
   • 诉讼阶段：若案件进入审判阶段，您可作为“案外人”向法院提出书面异议，要求排除对车辆的执行（依据《刑事诉讼法》第245条）。
     
   • 国家赔偿：若车辆被违法扣押导致损失（如扣押期间车辆贬值、无法正常使用），您可在确认扣押违法后，向扣押机关申请国家赔偿（依据《国家赔偿法》第18条）。

4. 注意事项

   • 及时行动：扣押期限一般不超过侦查阶段，若案件移送检察院或法院后仍未返还，需主动主张权利，避免超期。
     
   • 保留证据：妥善保存车辆行驶证、购车发票、扣押清单等材料，以证明车辆所有权及扣押事实。
     
   • 避免冲突：与办案机关沟通时保持理性，通过书面申请或律师协助表达诉求，避免因情绪化行为影响权利主张。

若您对具体程序或证据准备有疑问，可直接向我咨询，我会结合您的案件细节提供进一步指导。