发现犯罪嫌疑人的作案车辆后，扣押程序需严格遵循法律规定。以下是具体的扣押流程及相关注意事项：

1. 扣押前提：首先，必须确认该车辆确实与犯罪活动有关，且有足够的证据支持这一结论。这通常需要侦查机关的调查和取证。

2. 扣押程序：

   • 由法定机关执行：扣押作案车辆应由公安机关、人民检察院或人民法院等法定机关依法进行。
   • 出示证件与手续：执行扣押时，执法人员需向当事人出示执法证件，并说明扣押的理由、依据以及扣押后的处理方式。同时，应制作扣押决定书，并当场交付或送达给当事人。
   • 制作扣押清单：扣押车辆时，应详细列明车辆的品牌、型号、颜色、车牌号等信息，并制作扣押清单，由执法人员和当事人签名或盖章确认。若当事人拒绝签名或盖章，执法人员应在扣押清单上注明。

3. 扣押后的处理：

   • 妥善保管：扣押后的车辆应妥善保管，防止损坏或灭失。若因保管不善导致车辆损坏或灭失，相关机关应承担相应的责任。
   • 调查取证：扣押期间，侦查机关可对车辆进行必要的调查取证工作，如提取车辆上的指纹、DNA等物证信息。
   • 返还或处理：若经调查确认车辆与犯罪活动无关，或案件已经审结且不再需要作为证据使用，应及时将车辆返还给当事人。若车辆被认定为作案工具或赃物，则应根据法律规定进行相应的处理。

4. 法律监督与救济：

   • 法律监督：扣押过程中，应接受法律监督机关的监督和检查，确保扣押行为的合法性和正当性。
   • 救济途径：若当事人对扣押决定不服，可依法向上一级机关申请复议或向人民法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。

综上所述，扣押犯罪嫌疑人的作案车辆需严格遵循法定程序，并确保当事人的合法权益得到保障。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。