盗窃作案车辆被扣押后，其处理流程需严格遵循法律规定，并根据案件的具体情况来执行。以下是对此问题的详细解答：
一、扣押初期的处理
登记与检验：
- 公安机关在扣押车辆后，会首先对车辆进行细致的登记，记录车辆的各项信息，如车牌号、车型、颜色等。
- 同时，公安机关还会对车辆进行严格的检验，以查明车辆的来源和性质，确定其与盗窃案件是否有关联。
初步判断：
- 经过调查和检验，如果确认车辆是盗窃作案的工具或通过盗窃得来的财物，公安机关会将其作为赃物收缴。
- 如果车辆与盗窃案件无直接关联，公安机关则会在规定期限内通知车主前来领取。
二、案件处理过程中的车辆管理
作为证据留存：
- 在案件处理过程中，被扣押的车辆会作为重要的证据被留存，直至案件审结。
- 这期间，车辆会被妥善保管，以确保其作为证据的完整性和有效性。
法院判决后的处理：
- 案件审判结束后，法院会根据判决来决定车辆的最终处理方式。
- 如果车辆被判定为赃物，可能会被没收或拍卖；如果车辆与案件无关，则会返还给车主。
三、特殊情况下的处理
车辆存在其他违法问题：
- 如果被扣押的车辆存在其他违法问题，如改装、未年检等，处理方式可能会更加复杂。
- 公安机关会根据具体情况，综合考虑各种因素后再作出决定。
高价值车辆的处理：
- 对于价值较高的车辆，在拍卖过程中需要遵循严格的程序和规定，以确保各方的合法权益得到保障。
四、车辆的返还程序
返还条件：
- 如果车辆与盗窃案件无直接关联，且已查明其权属，公安机关会尽快返还给车主。
- 返还前，车主需要提供相关证明文件以办理领取手续。
返还程序：
- 侦查机关在查明情况后，会制作发还物品清单，并经办案部门负责人批准后返还给车辆所有人。
- 车主在领取车辆时，需要在清单上签名或盖章，并注明接收日期。
综上所述，盗窃作案车辆被扣押后的处理流程涉及多个环节和细节，需要根据案件的具体情况和法律规定来执行。车主在此过程中应积极配合公安机关的调查工作，并提供必要的证明文件以便尽快取回车辆。