结论：员工劳动关系转移时，加班工资是算在工资总额里的。以下从不同角度为你详细分析：

法律定义角度

根据相关法律法规，工资总额是指企业在一定时期内直接支付给本单位全部职工的劳动报酬的总额，它涵盖了多个组成部分，其中就包括加班工资。劳动关系转移，无论是因企业合并、分立、改制，还是其他原因导致的员工劳动关系变更，都不影响工资总额的构成要素。也就是说，无论劳动关系如何变化，加班工资作为员工因额外工作而应获得的报酬，始终是工资总额的一部分。例如，某企业因业务调整进行分立，一部分员工劳动关系转移到新成立的公司，在计算这些员工在新公司的工资总额相关事项（如经济补偿金计算基数等）时，其在原企业工作期间的加班工资也应纳入考虑范围。

劳动关系转移具体情形角度

1. 企业合并或分立：当企业发生合并或分立时，原企业的工资支付义务会由合并或分立后的企业承继。在这个过程中，员工的加班工资不会因为劳动关系的转移而被排除在工资总额之外。合并或分立后的企业在处理员工工资相关事宜时，必须将原企业已支付但未结算完的加班工资，以及后续可能产生的加班工资，都计入工资总额。比如，A公司和B公司合并为C公司，A公司员工之前有未结算的加班工资，在合并后C公司处理员工工资问题时，这部分加班工资要算入工资总额，用于计算员工应得的经济补偿等。
2. 企业内部调动：如果员工是在企业内部不同部门或分支机构之间进行调动，劳动关系虽然发生了转移，但本质上还是属于同一企业主体。这种情况下，加班工资自然也是工资总额的组成部分，不会因为内部调动而改变其性质。例如，某大型企业将员工从总部调到分公司工作，员工在总部工作期间的加班工资，在分公司处理工资相关事务时，同样要算入工资总额。

实际应用角度

在计算员工的一些权益时，加班工资计入工资总额具有重要意义。以经济补偿金为例，根据法律规定，经济补偿金按照员工在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向员工支付。这里的“月工资”是指员工在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资，而平均工资的计算是以工资总额为基础的，加班工资包含在内。假设员工小李在某企业工作3年，劳动合同解除前12个月的工资总额（包含加班工资）为72000元，那么他的月平均工资就是6000元，企业应支付他的经济补偿金就是18000元（6000×3）。如果加班工资不算在工资总额里，那么计算出的经济补偿金就会不准确，损害员工的合法权益。

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