针对您提出的“拿走合同预付款4万元没退还，该由哪个部门管”的问题，这主要涉及到合同纠纷的处理部门及流程，以下是我的详细解答：

1. 合同纠纷的基本处理原则：

   • 合同纠纷通常首先通过协商、调解等非诉讼方式解决。若这些方式无法达成一致，则可能需要通过诉讼或仲裁等法律途径来解决。

2. 涉及合同预付款未退还的具体处理部门：

   • 协商与调解：
     • 在纠纷初期，您可以尝试与对方进行协商，看是否能够达成退款协议。
     • 如果协商无果，您可以考虑寻求第三方调解机构的帮助，如人民调解委员会或行业调解组织，进行调解。
   • 诉讼途径：
     • 如果协商和调解均无法解决问题，您可以向人民法院提起诉讼。根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，合同纠纷属于民事诉讼的范畴，您应向被告住所地或合同履行地的人民法院提起诉讼。
     • 在诉讼过程中，您需要提供相关证据，如合同、付款凭证、沟通记录等，以证明对方未退还预付款的事实。
   • 仲裁途径（如合同中有仲裁条款）：
     • 如果合同中明确约定了仲裁条款，即双方同意在发生纠纷时通过仲裁方式解决，那么您应向约定的仲裁机构申请仲裁。
     • 仲裁机构将根据双方提供的证据和仲裁规则进行裁决，裁决结果具有法律效力。

3. 关于您提到的4万元预付款未退还的具体情况：

   • 这属于合同纠纷中的一种常见情形，即一方未按照合同约定履行退款义务。
   • 无论您选择诉讼还是仲裁途径，都需要确保有充分的证据来支持您的主张，如合同文本、付款记录、对方未退款的沟通记录等。

4. 建议与注意事项：

   • 在处理此类纠纷时，建议您保持冷静，理性对待，避免采取过激行为。
   • 同时，及时咨询专业律师（如我，翁雪毓，专注于建设工程、破产重组领域，也处理合同纠纷案件）的意见，以便更好地维护自己的合法权益。
   • 保留好所有相关证据，以便在需要时提供证明。

总结来说，针对您提出的合同预付款未退还的问题，您可以首先尝试协商和调解等非诉讼方式解决；若无法解决，则可以根据合同中的约定选择诉讼或仲裁途径来维护自己的权益。在此过程中，如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。