针对您提出的“车不在手里，已经跟挂靠方提出过户，如果挂靠公司起诉我怎么办”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，您需要明确的是，车辆挂靠关系通常基于双方签订的挂靠协议。在这份协议中，会明确双方的权利和义务，包括车辆的所有权、使用权、管理费支付、过户条件等关键条款。因此，您应首先仔细审查与挂靠公司签订的挂靠协议，了解其中关于过户的具体规定和双方的责任。
接下来，您已经向挂靠公司提出了过户请求，这是积极且必要的步骤。在提出过户请求时，建议您保留好相关的书面证据，如过户申请书、挂靠公司的回复等，以备不时之需。
如果挂靠公司拒绝过户或拖延过户，并且您认为自己的权益受到了侵害，那么您可能会面临挂靠公司起诉的风险。在这种情况下，您需要做好以下准备：
收集证据：除了之前提到的过户申请书和回复外，您还应收集其他能够证明车辆实际所有权归您的证据，如购车发票、车辆行驶证（虽然可能登记在挂靠公司名下，但可作为辅助证据）、车辆使用记录、维修记录等。这些证据将有助于您在法庭上证明车辆的实际所有权。
咨询专业律师：面对法律诉讼，咨询专业律师是非常重要的。律师可以为您提供法律意见，帮助您分析案件的胜诉可能性，并制定相应的诉讼策略。
积极应诉：如果挂靠公司确实提起了诉讼，您需要积极应诉。在应诉过程中，您应如实陈述事实，提供证据支持自己的主张，并尊重法庭的裁决。
此外，从法律角度来看，车辆登记在公司名下并不意味着公司就是车辆的所有权人。根据相关法律法规，车辆的所有权应基于实际出资购买和占有使用情况来确定。因此，如果您能够提供充分的证据证明车辆的实际所有权归您，那么您在法律上是有依据的。
最后，我建议您在处理此类纠纷时保持冷静和理性，通过合法途径维护自己的权益。如果可能的话，也可以尝试与挂靠公司进行协商和解，以达成双方都能接受的解决方案。希望这些建议能够对您有所帮助。