结论：工地给农民工发工资没有劳动合同且扣税是否合法，需分情况讨论。若存在事实劳动关系，即使没有书面劳动合同，用人单位也应当依法纳税，不得随意扣税；若不存在劳动关系，则可能涉及其他法律关系，扣税的合法性需根据具体情况判断。以下从不同角度详细分析：
一、存在事实劳动关系的情况
劳动合同的缺失不影响劳动关系的认定：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，用人单位自用工之日起即与劳动者建立劳动关系。即使没有签订书面劳动合同，只要存在事实劳动关系（如劳动者实际提供了劳动，用人单位接受了劳动并支付了报酬），双方即受劳动法律法规的约束。
用人单位应依法纳税：
- 农民工的工资属于个人所得税的应税项目。根据《中华人民共和国个人所得税法》的规定，用人单位作为扣缴义务人，应当按照税法规定代扣代缴农民工的个人所得税。
- 扣税必须合法合规：用人单位不得随意扣税，必须按照税法规定的税率和计税方法进行计算和扣缴。如果用人单位存在多扣、乱扣税款等违法行为，农民工有权向税务机关举报并要求退还多扣的税款。
未签订劳动合同的法律责任：
- 如果用人单位未与农民工签订书面劳动合同，根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，用人单位可能需要承担支付双倍工资、补签劳动合同等法律责任。但这并不影响用人单位依法纳税的义务。
二、不存在劳动关系的情况
可能涉及其他法律关系：
- 如果农民工与工地之间不存在事实劳动关系（如农民工是承包商雇佣的，与工地无直接劳动关系），则可能涉及承揽合同、劳务合同等其他法律关系。
扣税的合法性需根据具体情况判断：
- 在这种情况下，扣税的合法性将取决于具体的合同约定和税法规定。如果合同中明确约定了税费的承担方式和计算方法，且符合税法规定，则扣税可能是合法的。
- 如果合同中没有约定或约定不明确，或者扣税方式违反了税法规定，则扣税可能是不合法的。农民工有权要求对方按照税法规定进行扣税，并有权向税务机关举报违法行为。
三、建议与措施
收集证据：
- 农民工应尽可能收集与工地存在劳动关系的证据（如工作证、工资条、考勤记录等），以便在发生纠纷时证明自己的权益。
咨询专业律师：
- 如果农民工对扣税的合法性存在疑问或认为自己的权益受到了侵害，可以直接向我咨询。我可以根据具体情况提供法律意见和帮助。
向税务机关举报：
- 如果农民工发现用人单位存在多扣、乱扣税款等违法行为，可以向当地税务机关举报。税务机关将依法进行调查处理，并保护举报人的合法权益。
总结：工地给农民工发工资没有劳动合同且扣税是否合法，需根据是否存在事实劳动关系以及具体的合同约定和税法规定来判断。农民工应了解自己的权益和义务，并在必要时寻求法律帮助以维护自己的合法权益。