农民工开工资扣税是合法的。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律依据
根据《中华人民共和国个人所得税法》第二条的规定，下列各项个人所得，应当缴纳个人所得税，其中就包括工资、薪金所得。这意味着，无论是城镇居民还是进城务工的农民工，只要其取得的收入属于个人所得税应税所得项目，且收入达到纳税标准的，都应依法缴纳个人所得税。
二、纳税标准与计算方式
居民个人：对于居民个人而言，其综合所得（包括工资、薪金等）在每一纳税年度内，需先扣除六万元的费用以及专项扣除、专项附加扣除和依法确定的其他扣除后，剩余的部分即为应纳税所得额。应纳税所得额将按照相应的税率进行计算，得出应缴纳的个人所得税额。
非居民个人：对于非居民个人，其取得的工资、薪金所得，按月或者按次分项计算个人所得税。具体计算方式为：应纳税所得额 = 每月收入额 - 费用五千元（或按次计算的费用标准），然后按照相应的税率进行计算。
劳务报酬所得：如果农民工是以提供劳务的形式获得收入，那么其劳务报酬所得需先扣除收入中百分之二十的费用，剩余部分作为收入额来计算应纳税所得额。
三、实际案例与说明
以付先生为例，他是一名农村进城务工人员，在某建筑工地工作。本月领取工资时，他发现自己被扣除了一百多元，询问老板原因后得知是代扣代缴了个人所得税。这是完全合法的，因为付先生的工资收入达到了纳税标准，依法需要缴纳个人所得税。
四、建议与注意事项
了解纳税义务：农民工应了解自己的纳税义务，确保依法纳税。如果对纳税标准或计算方式有疑问，可以向当地税务部门或专业律师咨询。
保留相关凭证：在领取工资时，农民工应要求用人单位提供完整的工资单和纳税凭证，以便核对和保留证据。
维护自身权益：如果发现用人单位存在偷税漏税等违法行为，农民工有权向税务部门举报，并维护自己的合法权益。
综上所述，农民工开工资扣税是合法的，这是每位公民应尽的义务。如果您对纳税标准、计算方式或相关法律问题有疑问，可以直接向我咨询，我将为您提供专业的法律解答。