结论：三甲医院绩效中层涨工资仅由医院高层决定且不公开，这一做法是否违规需结合具体情况判断，但从一般法律原则和劳动权益保护角度看，该做法存在违规风险。以下从不同角度详细分析：
一、从劳动法律法规角度
工资决定与公开原则：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，劳动者享有平等就业和选择职业的权利、取得劳动报酬的权利等。虽然法律并未明确规定工资调整必须公开所有细节，但要求工资决定过程应公平、公正，且劳动者有权了解自己的工资构成及调整情况。
- 如果医院高层单方面决定绩效中层的工资涨幅，且未向相关劳动者说明决定依据和过程，可能违反了工资决定的公平、公正原则，侵犯了劳动者的知情权。
集体合同与规章制度：
- 如果医院与劳动者之间签订了集体合同，或医院有明确的规章制度关于工资调整的规定，那么医院应遵守这些合同和制度。若高层决定涨工资的行为与集体合同或规章制度相悖，则可能构成违规。
二、从医院管理角度
内部管理规定：
- 医院作为用人单位，有权根据自身经营状况和劳动者表现调整工资。但这种调整应基于合理的考核标准和程序，且应确保透明度和公正性。
- 如果医院高层在决定绩效中层工资涨幅时，未遵循医院内部的考核和调整程序，或未向相关劳动者进行充分说明，可能引发内部管理混乱和劳动者不满。
劳动者权益保护：
- 劳动者有权对医院的工资调整行为提出异议和申诉。如果医院高层的行为导致劳动者权益受损，劳动者可以通过合法途径维护自己的权益，如向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。
三、从实际操作与风险防范角度
建议公开透明：
- 为了避免潜在的劳动纠纷和法律风险，医院高层在决定绩效中层工资涨幅时，应尽可能做到公开透明。可以制定明确的考核标准和调整程序，并向相关劳动者进行充分说明和解释。
建立沟通机制：
- 医院应建立有效的沟通机制，确保劳动者能够及时了解自己的工资构成及调整情况。这有助于增强劳动者的归属感和满意度，减少劳动纠纷的发生。
遵守法律法规：
- 医院在调整工资时，应严格遵守国家法律法规和医院内部的规章制度。任何违反法律法规和规章制度的行为都可能引发法律风险和劳动纠纷。
建议：如果您作为绩效中层或相关劳动者，对医院的工资调整行为有异议或疑问，建议首先与医院人力资源部门或相关负责人进行沟通协商。如果无法达成一致意见，您可以考虑向当地劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁以维护自己的合法权益。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。