公司合同中备注违约金是合法的，但必须在合理范围内，并遵循相关法律规定。以下是对这一问题的详细分析：
一、违约金的合法性
根据《民法典》的相关规定，当事人可以自主约定一方违约时向对方支付一定数额的违约金，或者约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。这一规定赋予了合同双方在签订合同时灵活处理违约事宜的权利，旨在保障合同的顺利履行，并对违约行为进行约束。因此，在公司合同中备注违约金是合法的。
二、违约金的合理性限制
虽然违约金在合同中是合法的，但其数额并非可以随意约定。为了确保合同的公平性和合理性，法律对违约金的数额设定了一定的限制：
过高调整：如果约定的违约金过分高于实际造成的损失（通常指超过损失的30%），人民法院或仲裁机构可以根据当事人的请求适当减少。在调整时，会综合考虑合同的履行情况、当事人的过错程度以及预期利益等因素，以确保违约金的设定既具有惩罚性，又不过于苛刻。
过低调整：相反，如果约定的违约金低于实际造成的损失，人民法院或仲裁机构同样可以根据请求予以增加，以充分补偿守约方的实际损失。
与定金并存时的调整：当合同中同时约定了违约金和定金，且两者数额合计过高时，也可能面临调整，以防止对违约方造成不合理的经济负担。
三、实际操作建议
合理约定违约金：在签订合同时，双方应基于平等自愿的原则，合理约定违约金的数额。这既能有效督促合同履行，又不会过分加重任何一方的责任。例如，可以参考行业惯例、合同标的额以及预期损失等因素来设定违约金。
明确违约金条款：在合同中明确约定违约金的计算方式、支付条件以及调整机制等，以避免在履行过程中产生争议。例如，可以约定“若一方违约，需向对方支付合同总价款X%的违约金，且该违约金数额可根据实际损失情况进行调整”。
及时咨询法律意见：对于违约金的具体设定及可能涉及的法律风险，建议在合同签订前向我咨询，以获得更准确的法律意见和帮助。我可以根据具体情况，为你提供专业的法律建议和指导。
四、可能的法律后果
如果合同中约定的违约金不合理（如过高或过低），且双方无法达成一致意见时，可能会引发法律纠纷。此时，人民法院或仲裁机构会根据相关法律规定和公平原则，对违约金的数额进行调整。因此，在签订合同时，双方应充分考虑各种因素，合理约定违约金的数额，以避免不必要的法律风险。
综上所述，公司合同中备注违约金是合法的，但必须在合理范围内，并遵循相关法律规定。如果你在签订或履行合同过程中遇到任何问题，都可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律帮助。