结论：建工合同中约定如乙方工人追讨工资则扣工程款的条款，其有效性需根据具体情况判断，一般情况下可能因违反法律强制性规定或公序良俗而无效，但若条款设计合法合理且不损害第三方权益，则可能有效。以下从不同角度详细分析：
一、条款可能无效的情形
违反法律强制性规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，劳动者有权依法获得劳动报酬，用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。若合同条款试图通过扣减工程款的方式规避支付工人工资的责任，可能因违反法律强制性规定而被认定为无效。
- 例如，若合同中约定“若乙方工人追讨工资，甲方有权从工程款中扣除相应金额作为惩罚”，这种条款直接剥夺了工人获得劳动报酬的权利，违反了法律的强制性规定，因此无效。
违反公序良俗：
- 公序良俗是法律的基本原则之一，要求民事活动不得违反社会公共利益和社会公德。若合同条款试图通过不正当手段（如扣减工程款）来压制工人追讨工资的行为，可能因违反公序良俗而被认定为无效。
- 例如，合同中约定“乙方工人不得追讨工资，否则甲方有权扣减工程款”，这种条款显然违背了社会公德和公共利益，因此无效。
二、条款可能有效的情形
条款设计合法合理：
- 若合同条款的设计合法合理，且不损害任何一方的合法权益，同时也不违反法律的强制性规定和公序良俗，则该条款可能有效。
- 例如，合同中可以约定“若乙方因管理不善导致工人工资支付出现问题，且乙方未能在合理期限内解决，甲方有权从工程款中预留一定金额作为保证金，用于确保工人工资的支付”。这种条款既体现了对工人权益的保护，也符合合同双方的利益平衡。
不损害第三方权益：
- 合同条款的有效性还取决于其是否损害了第三方的合法权益。若条款的设计不会损害工人或其他第三方的权益，且符合法律的规定，则该条款可能有效。
- 例如，在合同中约定“若乙方工人追讨工资，且经核实确实存在拖欠情况，甲方有权在支付工程款时直接代扣代缴工人工资”，这种条款在确保工人工资得到支付的同时，也保护了甲方的合法权益，因此可能有效。但需注意，此情况下应确保代扣代缴的程序合法合规，且已获得工人的同意或授权。
三、法律建议
审查合同条款：
- 在签订建工合同时，双方应仔细审查合同条款，确保条款的合法性和合理性。特别是关于工人工资支付的条款，应明确双方的责任和义务，避免出现模糊或歧义的表述。
遵守法律法规：
- 双方应严格遵守国家的法律法规和政策规定，确保工人工资的按时足额支付。任何试图通过合同条款来规避法律责任的行为都是不可取的。
寻求法律帮助：
- 若在合同履行过程中出现争议或问题，双方应及时寻求法律帮助，通过合法途径解决纠纷。作为专业律师，我可以为你提供合同纠纷方面的法律咨询和帮助。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。