结论：劳动合同中约定违约金扣工资的情形，并非一概有效，其有效性需根据具体情况及法律规定来判断。仅在培训服务期约定和竞业限制约定两种法定情形下，用人单位可与劳动者合法约定违约金，且违约金的数额和支付条件需严格遵循法律规定。

一、有效情形

1. 培训服务期与违约金

   • 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第二十二条，用人单位为劳动者提供专项培训费用，并进行专业技术培训的，可以与劳动者订立协议，约定服务期。劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。
   • 有效条件：违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用，且不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。例如，公司花费5万元送员工参加专业培训，并约定3年服务期。若员工工作1年后离职，则需支付约3.33万元（5万元÷3年×2年）的违约金。
   • 注意事项：若用人单位未提供专项培训费用，仅通过约定服务期和违约金来限制劳动者流动，则该违约金约定无效。

2. 竞业限制与违约金

   • 法律依据：依据《中华人民共和国劳动合同法》第二十三条，用人单位可与负有保密义务的劳动者在劳动合同或保密协议中约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。
   • 有效条件：竞业限制的人员限于高级管理人员、高级技术人员和其他负有保密义务的人员，期限不得超过二年。同时，用人单位必须按约支付经济补偿，否则劳动者可不履行竞业限制义务，此时违约金条款可能因用人单位先行违约而无效。
   • 示例：科技公司与技术骨干签订竞业限制协议，约定离职后2年内不得在同行业竞争公司工作，公司每月支付补偿金2000元。若员工违反，则需支付违约金。

二、无效情形

• 除法定情形外：根据《中华人民共和国劳动合同法》第二十五条，除培训服务期和竞业限制外，用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担违约金。因此，在一般劳动合同中，若无涉及上述特殊情况，用人单位不能单方面设定违约金来约束劳动者。
• 非真实意愿：劳动合同中的违约金条款必须是双方真实意思的表示，若存在欺诈、胁迫等情形，该约定无效。
• 数额不合理：违约金的数额应当合理，不得超过用人单位提供的培训费用或服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用（针对服务期违约金），或不得过高以至于显失公平（针对竞业限制违约金）。

三、法律建议

1. 合同审查：在签订劳动合同时，劳动者应仔细审查相关条款，特别是违约金条款，确保其符合法律规定，不侵犯自身合法权益。
2. 证据留存：若涉及服务期或竞业限制，劳动者应保留培训费用凭证、竞业限制协议等证据，以便在发生争议时维护自身权益。
3. 及时咨询：对违约金条款存疑时，劳动者应及时向我咨询，了解自身权利和义务，避免因不了解法律而遭受损失。

总结：劳动合同中的违约金约定需严格遵循法律规定，仅在培训服务期和竞业限制两种法定情形下有效。劳动者在签订劳动合同时，应仔细审查相关条款，确保自身权益不受侵害。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。