结论：工程款被甲方克扣时，当事人签字的有效性需根据具体情况判断，包括签字内容、是否受胁迫或欺诈、是否违反法律法规等。
一、签字内容对有效性的影响
确认工程款金额及支付方式的签字：
- 若签字内容明确确认了工程款的金额、支付方式及时间，且该签字是当事人真实意思的表示，那么该签字通常具有法律效力。甲方克扣工程款可能构成违约，当事人有权依据签字内容要求甲方支付剩余款项。
涉及工程款减免或放弃的签字：
- 若签字内容涉及工程款的减免或当事人放弃部分工程款，需特别谨慎。此类签字可能被视为当事人对自身权益的处分，但需确保签字时未受胁迫、欺诈或存在重大误解。若存在上述情形，该签字可能被认定为无效或可撤销。
二、签字时是否受胁迫或欺诈对有效性的影响
- 受胁迫或欺诈的签字：
- 根据《民法典》的相关规定，一方以胁迫手段，使对方在违背真实意思的情况下实施的民事法律行为，受胁迫方有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。同样，若签字是在欺诈的情况下作出的，受欺诈方也有权请求撤销。因此，若当事人能证明签字是在受胁迫或欺诈的情况下作出的，该签字可能被认定为无效。
三、签字是否违反法律法规对有效性的影响
- 违反法律法规的签字：
- 若签字内容违反法律法规的强制性规定，如涉及非法交易、逃税等，该签字自始无效。在此情况下，当事人不仅无法依据签字内容要求甲方支付工程款，还可能面临法律责任。
四、建议与措施
核实签字内容：
- 当事人应仔细核实签字内容，确保其真实反映了双方的意愿和约定。若发现签字内容存在歧义或不明确之处，应及时与甲方沟通并补充明确。
保留相关证据：
- 当事人应保留与工程款支付相关的所有证据，包括合同、发票、付款记录、沟通记录等。这些证据在后续维权过程中将起到关键作用。
寻求法律帮助：
- 若当事人认为签字存在无效或可撤销的情形，或甲方克扣工程款的行为已构成违约，建议及时咨询专业律师并寻求法律帮助。律师将根据具体情况为当事人提供法律意见和维权策略。
考虑协商或诉讼：
- 在律师的指导下，当事人可以考虑与甲方进行协商，寻求和解或调解。若协商无果，当事人可以依法向人民法院提起诉讼，要求甲方支付剩余工程款及可能产生的违约金或损失赔偿。
总结：工程款被甲方克扣时，当事人签字的有效性需根据具体情况判断。若签字内容真实、合法且未受胁迫或欺诈，该签字通常具有法律效力。但若存在无效或可撤销的情形，当事人应及时采取措施维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。