工程合同书未经法人同意签字但被他人盖章，其有效性需分情况讨论：
一般原则下可能无效：
- 根据《民法典》的相关规定，合同成立通常需要当事人均签名、盖章或者按指印。若工程合同书未经法人同意签字，且盖章行为也未经法人授权或追认，那么该合同可能因缺乏合法的签订主体和授权依据而被视为无效。法人作为独立的法律主体，其行为需通过法定代表人或经合法授权的代理人进行，未经授权的行为在法律上可能不被认可。
特殊情况下可能有效：
- 表见代理：如果盖章的行为人虽未经法人明确授权，但相对人有理由相信其具有代理权（如持有法人介绍信、工作证、盖有公章的空白合同等），且相对人善意且无过失地认为其有代理权，则可能构成表见代理。在这种情况下，合同可能被视为有效，因为相对人基于合理的信赖而签订了合同。
- 实际履行：若合同签订后，双方已按照合同约定实际履行了主要义务（如一方已完成工程建设，另一方也支付了相应款项），则表明双方以行动认可了合同内容。这种实际履行行为可以弥补合同形式上的瑕疵，使合同被认定为有效。
- 事后追认：如果合同已经实际履行，且法人在事后对合同进行了追认，明确表示认可该合同的效力，那么合同从追认之日起生效。
法律建议：
- 风险规避：为避免合同无效带来的法律风险，建议在签订工程合同时，务必确保合同有法人授权并加盖公章。这是最常见且规范的确认合同效力的方式。
- 合同条款明确：无论合同是否加盖公章或是否有法人授权，合同条款都应明确、具体，包括工程范围、价款、支付方式、违约责任等，以减少后续纠纷的可能性。
- 谨慎审查：在签订合同前，应对对方的身份、代理权限等进行仔细审查，确保合同的有效性。如果对方声称有代理权，应要求其提供相关的授权文件或证明。
可能法律后果：
- 如果合同被认定为无效，那么双方基于该合同所取得的财产应当予以返还，不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方因此所受到的损失，双方都有过错的，应当各自承担相应的责任。
- 如果合同被认定为有效，那么双方应当按照合同约定履行各自的义务。如果一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定，应当承担违约责任。
在实际操作中，工程合同的有效性不仅取决于是否具备法人授权和公章，还需考虑是否存在特殊情形。因此，在签订和履行工程合同时，应综合考虑各种因素，以确保合同的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。