人事科长私自修改工人工资比例的行为，是否违法需分情况讨论，具体分析如下：
一、若人事科长修改工资比例的行为违反公司规章制度或劳动合同约定
违法性分析：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十五条，用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容。变更劳动合同，应当采用书面形式。若人事科长未经与工人协商一致，私自修改工资比例，这违反了劳动合同的约定，也违背了公司规章制度中关于工资调整的程序性规定（如有）。
法律后果：
- 工人有权要求公司按照原劳动合同约定的工资比例支付工资。
- 若公司拒绝，工人可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求公司支付差额工资，并可能获得相应的经济补偿。
二、若人事科长修改工资比例的行为涉及克扣或无故拖欠工资
违法性分析：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。若人事科长私自修改工资比例，导致工人实际收到的工资低于应得工资，且无法提供合理理由，则构成克扣或无故拖欠工资。
法律后果：
- 工人有权要求公司立即支付被克扣或拖欠的工资。
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第八十五条，用人单位未及时足额支付劳动报酬的，由劳动行政部门责令限期支付；逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金。
三、若人事科长修改工资比例的行为涉及职务侵占或贪污（极端情况）
违法性分析：
- 如果人事科长通过修改工资比例，将部分工资据为己有或转移给其他个人或实体，且数额较大，则可能构成职务侵占或贪污行为。
法律后果：
- 除了需要承担民事赔偿责任外，还可能面临刑事责任的追究，包括有期徒刑、拘役或罚金等。
四、建议与行动指南
工人方面：
- 首先，应与公司人事部门或上级领导进行沟通，了解工资比例修改的具体原因和依据。
- 若沟通无果，可以收集相关证据（如劳动合同、工资条、修改前后的工资比例对比等），向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向劳动监察部门投诉。
公司方面：
- 应建立健全的工资管理制度和审批流程，确保工资比例的修改经过合法合规的程序。
- 加强对人事部门的监督和管理，防止类似违法行为的发生。
总结来说，人事科长私自修改工人工资比例的行为是否违法，取决于修改行为是否违反公司规章制度、劳动合同约定，以及是否涉及克扣、无故拖欠工资或职务侵占等违法行为。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。