结论：协商离职交接前申请仲裁，一般仍算在职仲裁，但具体需结合实际情况判断。以下从不同角度进行分析：
一、劳动关系存续状态是判断关键
在职状态的定义：在职状态通常指的是劳动者与用人单位之间仍然存在劳动关系，劳动者仍在为用人单位提供劳动，或者按照用人单位的要求进行工作交接等。
协商离职过程中的劳动关系：在协商离职的过程中，如果双方尚未正式解除劳动合同，或者解除劳动合同的手续尚未办理完毕（如未签署离职协议、未办理离职手续等），那么劳动者仍然属于在职状态。
交接前申请仲裁的情况：如果劳动者在协商离职的交接过程中，尚未与用人单位正式解除劳动关系，此时申请仲裁，仍然属于在职期间申请的仲裁。仲裁机构在受理案件时，会关注劳动关系的存续状态，以及仲裁请求是否与劳动关系相关。
二、仲裁请求的内容与劳动关系紧密相关
仲裁请求的范围：在职期间申请的仲裁，其请求内容通常与劳动关系紧密相关，如工资支付、加班费、经济补偿金、未签劳动合同的双倍工资等。
交接前仲裁的合理性：如果劳动者在交接前申请仲裁，且仲裁请求与劳动关系相关，那么仲裁机构会受理并审理该案件。此时，劳动者的在职状态有助于仲裁机构更好地理解案件背景，并作出公正裁决。
三、特殊情况下的判断
已签署离职协议但未交接完毕：如果双方已经签署了离职协议，但劳动者尚未完成工作交接，此时劳动关系是否存续可能存在争议。一般来说，如果离职协议中明确规定了交接期限和交接内容，且劳动者仍在按照协议要求进行交接，那么可以认为劳动关系仍然存续，此时申请仲裁仍算在职仲裁。
用人单位单方面解除劳动关系：如果用人单位在协商离职过程中单方面解除了与劳动者的劳动关系，且劳动者对此有异议并申请仲裁，那么仲裁机构会审查用人单位解除劳动关系的合法性。如果用人单位解除劳动关系的行为违法，那么劳动者在解除劳动关系前申请的仲裁仍然有效，且可能获得相应的赔偿。
四、法律建议
保留证据：无论是否在职期间申请仲裁，劳动者都应保留好与劳动关系相关的证据，如劳动合同、工资单、加班记录、离职协议等。这些证据在仲裁过程中将起到关键作用。
及时咨询：如果劳动者对协商离职过程中的仲裁问题有疑问或不确定，建议及时咨询专业律师或法律机构，以获取更准确的法律意见和帮助。
注意时效：根据《劳动争议调解仲裁法》的规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。劳动者应在知道或应当知道其权利被侵害之日起一年内申请仲裁，以免错过时效期间。
总结来说，协商离职交接前申请仲裁，一般仍算在职仲裁，但具体需结合实际情况判断。劳动者在申请仲裁前应了解自己的劳动关系状态，并保留好相关证据。如有疑问或不确定，建议及时咨询专业律师。