结论：员工自动离职后，公司一般不应扣除其绩效工资，但在特定情况下，如员工自离给公司造成经济损失时，公司有权依据相关规定进行扣除。全勤奖方面，自离员工通常无法获得，但具体需查看合同约定。
详细分析：
绩效工资方面
- 一般情况：根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十条和《中华人民共和国劳动法》第五十条的规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。绩效工资作为劳动报酬的一部分，只要员工在离职前已经按照公司要求完成了相应的工作任务，达到了岗位绩效的考核标准，公司就应当支付对应的绩效工资。因此，在一般情况下，公司不应扣除员工的绩效工资。
- 特定情况：如果员工的自离行为给公司带来了实际的经济损失，例如因未完成工作交接导致公司业务受损、客户流失等，公司有权要求员工赔偿损失。根据《工资支付暂行规定》第十六条，经济损失的赔偿可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。这意味着，在特定情况下，公司有权扣除员工的部分绩效工资以赔偿损失，但扣除的额度和方式需严格遵守法律规定。
全勤奖方面
- 一般情况：全勤奖是公司为鼓励员工按时出勤、满勤工作而设立的一种奖励制度。自离意味着员工未按照公司规定完成整个工作周期的出勤要求，因此不符合全勤的标准，通常无法获得全勤奖。
- 特殊情况：如果劳动合同或集体合同中明确规定了全勤奖的发放条件及标准，并且员工在离职前确实符合了这些条件，那么用人单位应当按照约定支付全勤奖。但这种情况较为罕见，因为全勤奖通常与整个工作周期的出勤情况挂钩。
法律建议：
- 对于员工而言，在离职前应与公司进行充分沟通，了解离职后的工资结算和福利待遇情况，确保自己的合法权益不受侵害。如果公司无故克扣绩效工资或全勤奖，员工有权向劳动行政部门投诉或者申请劳动仲裁以维护自己的合法权益。
- 对于公司而言，在员工离职时，应按照法律规定和劳动合同约定及时足额支付劳动报酬，包括绩效工资和全勤奖等。如果员工自离给公司造成经济损失，公司应依法要求员工赔偿，并在扣除工资时严格遵守法律规定，避免引发劳动争议。
可能后果：
- 如果公司无故克扣员工的绩效工资或全勤奖，员工可能会向劳动行政部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司支付被克扣的工资和可能的赔偿金。
- 如果员工自离给公司造成经济损失，公司未依法要求员工赔偿或扣除工资时违反法律规定，公司可能会面临劳动行政部门的处罚或员工的法律诉讼。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。