核心结论：面对公司已开具发票但对方仅支付部分款项的情况，您可以通过协商、发送催款函、提起诉讼或申请仲裁、申请财产保全等法律手段来维护自身权益。以下是具体分析和建议：

1. 协商解决：

   • 分析：首先，您可以尝试与对方公司进行友好协商，了解对方未支付剩余款项的具体原因。可能是对方资金周转问题，也可能是对发票内容或服务存在异议。
   • 建议：在协商过程中，保持冷静和理性，明确表达您的诉求和期望的解决方案。如果对方提出合理的解释和还款计划，您可以考虑给予一定的宽限期。

2. 发送催款函：

   • 分析：如果协商无果，您可以委托律师或自行向对方公司发送正式的催款函。催款函应明确列出已开具的发票信息、已支付的款项、未支付的款项以及支付期限等关键信息。
   • 建议：催款函应具有法律效力，因此最好由律师起草或审核，以确保其内容的准确性和有效性。发送催款函后，保留好邮寄凭证或电子邮件发送记录，以备后续维权之需。

3. 提起诉讼或申请仲裁：

   • 分析：如果对方在催款函规定的期限内仍未支付剩余款项，您可以考虑向法院提起诉讼或根据合同约定申请仲裁。诉讼或仲裁是法律手段，能够强制对方履行支付义务。
   • 建议：在提起诉讼或申请仲裁前，收集好所有相关证据，包括合同、发票、付款记录、催款函等。同时，咨询专业律师，了解诉讼或仲裁的流程、费用以及可能的风险和收益。

4. 申请财产保全：

   • 分析：为了防止对方在诉讼或仲裁过程中转移财产，导致判决或裁决无法执行，您可以向法院申请财产保全。财产保全可以冻结对方的银行账户、查封其财产等。
   • 建议：申请财产保全需要提供一定的担保，并缴纳一定的费用。因此，在申请前，您需要评估对方的财产状况以及自身承担担保和费用的能力。

额外建议：

• 在未来的业务合作中，建议您在合同中明确约定付款方式、付款期限以及违约责任等条款，以降低类似风险的发生。
• 定期与对方公司进行对账和确认付款情况，及时发现并解决问题，避免问题积累导致更大的损失。

面对公司已开具发票但对方仅支付部分款项的情况，您应积极采取法律手段维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。