双方基于虚假的意思表示签订的协议，其隐藏的法律关系是否生效，需分情况讨论：

1. 若双方通谋虚伪表示，隐藏的法律行为一般无效

根据《中华人民共和国民法典》第一百四十六条：“行为人与相对人以虚假的意思表示实施的民事法律行为无效。以虚假的意思表示隐藏的民事法律行为的效力，依照有关法律规定处理。” 这意味着，如果双方表面上签订了一份协议，但实际上双方都知道这份协议并不是真实意思表示，而是为了掩盖另一份真实的法律行为（即隐藏的法律关系），那么这份表面的协议是无效的。同时，隐藏的法律行为是否有效，需要依据相关法律规定来判断。在大多数情况下，如果隐藏的法律行为本身违反了法律、行政法规的强制性规定，或者违背了公序良俗，那么它也是无效的。

举例说明：假设甲乙双方签订了一份买卖合同，但实际上双方是为了逃避税收而签订的虚假合同，真实的交易价格远高于合同上的价格。在这种情况下，买卖合同作为虚假的意思表示是无效的，而隐藏的真实交易行为（即实际的买卖关系）如果违反了税收法规，那么也是无效的。

1. 若一方虚假表示，另一方不知情，隐藏的法律行为可能有效

如果一方以虚假的意思表示签订协议，而另一方并不知情，且该协议本身并不违反法律、行政法规的强制性规定或公序良俗，那么这份协议可能是有效的。在这种情况下，隐藏的法律行为（如果存在且合法）也可能产生法律效力。然而，如果虚假表示的一方意图通过虚假协议损害另一方的利益，那么受损方有权请求人民法院或仲裁机构撤销该协议。

举例说明：假设甲向乙出售一辆汽车，并签订了买卖合同。但实际上，甲在签订合同时已经知道汽车存在严重质量问题，却故意隐瞒这一事实。乙在不知情的情况下签订了合同。在这种情况下，如果乙后来发现了汽车的质量问题，他有权请求撤销买卖合同，并要求甲承担相应的法律责任。而如果甲和乙之间还存在其他隐藏的法律关系（如甲曾向乙借款，并用汽车作为抵押），且该隐藏的法律关系并不违反法律规定，那么它可能仍然有效。

法律建议：

• 在签订任何协议时，都应确保双方的意思表示真实、合法，并明确协议的内容和目的。
• 如果对协议的法律效力存在疑问，或者发现对方可能存在虚假表示的情况，应及时咨询专业律师，以维护自己的合法权益。
• 在涉及复杂法律关系或高额交易时，建议进行充分的尽职调查，以了解对方的真实情况和协议的法律风险。

可能后果：

• 如果双方基于虚假的意思表示签订协议，且该协议被认定为无效，那么双方可能无法依据该协议主张权利或履行义务。
• 如果隐藏的法律行为也被认定为无效，那么双方可能面临返还财产、赔偿损失等法律责任。
• 在某些情况下，虚假表示的一方还可能承担行政责任或刑事责任，如因逃税等违法行为受到税务机关的处罚或面临刑事指控。

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