当员工怀孕且劳动合同到期时，这是一个涉及法律法规和员工权益保护的重要问题。作为用人单位，必须严格遵守相关法律法规，妥善处理这一特殊情况下的劳动关系。以下是我为您详细梳理的处理流程和建议：

一、劳动合同的顺延

法律依据： 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十五条及《女职工劳动保护特别规定》的相关条款，女职工在孕期、产期、哺乳期的，劳动合同应当续延至相应的情形消失时终止，即哺乳期结束。

处理方式：

1. 自动顺延：当女员工的劳动合同在孕期、产期或哺乳期内到期时，合同应自动顺延至三期结束。这意味着，用人单位无需与员工重新签订书面合同，原合同的条款继续有效。
2. 通知义务：虽然法律未明确规定用人单位需提前通知员工合同顺延事宜，但为了管理规范和避免纠纷，建议用人单位以书面形式告知员工合同顺延的情况，明确顺延期限及双方的权利义务。

二、顺延期间的待遇保障

工资待遇： 在劳动合同续延期间，用人单位应按照原劳动合同约定的工资标准支付工资，包括绩效考核部分。只要女职工正常履行工作职责，绩效工资应按时发放。若员工享受生育保险待遇，且生育津贴低于其原工资标准的，用人单位需补足差额部分。

福利待遇： 用人单位应继续为女职工缴纳社会保险（养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险、生育保险）及住房公积金，确保其在孕期、产期、哺乳期享受相应的保险和福利待遇。同时，带薪年假、节日福利等也应按照企业规定正常提供。

工作岗位： 用人单位不得以怀孕为由随意变更女职工的工作岗位，应确保其能在适宜的工作环境中继续工作。

三、劳动合同终止条件与后续处理

终止条件：

1. 当女员工的三期（孕期、产期、哺乳期）结束后，若双方未就续签达成一致，劳动合同自然终止。
2. 若员工在三期内存在严重违反规章制度、被追究刑事责任等法定解除事由，用人单位可依法解除合同，但需承担举证责任。

经济补偿：

1. 若因合同顺延导致终止，且用人单位未维持或提高条件续订而劳动者拒绝续订的，用人单位需按每满一年支付一个月工资的标准向员工支付经济补偿金。
2. 经济补偿金的计算基数为员工离职前12个月的平均工资，包含计时工资、计件工资、奖金、津贴等货币性收入。

四、建议与措施

1. 提前沟通：用人单位应在女职工劳动合同到期前，与其沟通续签事宜，明确双方意愿和条件，以减少不必要的纠纷。
2. 保存证据：女职工应妥善保存劳动合同、孕期检查证明等相关证据，以便在权益受到侵害时依法维权。
3. 法律咨询：如遇复杂情况或争议较大的问题，建议及时咨询专业律师或相关法律机构，以确保自身合法权益得到维护。

综上所述，处理员工怀孕劳动合同到期问题时，用人单位应严格遵守法律法规，切实保障女职工的合法权益。通过自动顺延合同、保障待遇、明确终止条件及后续处理措施，可以有效避免劳动纠纷和法律风险。