结论：同镇的两个村都有承包地是合法的，确权需根据不同情况，按照法定程序进行。
具体分析如下：
一、合法性分析
法律依据：
- 根据《中华人民共和国农村土地承包法》的相关规定，农村土地承包采取农村集体经济组织内部的家庭承包方式，承包方为本集体经济组织的农户。法律并未禁止同一镇内不同村的农户在各自所属的集体经济组织内承包土地。
- 只要承包行为符合法定程序，即经过了村民会议或村民代表会议的民主议定程序，并签订了书面承包合同，且承包合同已经依法登记，那么这种承包行为就是合法的。
实际情况：
- 在农村地区，由于土地资源的分布和集体经济组织的划分，同一镇内不同村的农户承包各自村的土地是常见现象。
- 只要承包行为没有违反法律、行政法规的强制性规定，没有损害国家、集体或第三人的利益，就是合法的。
二、确权程序
准备材料：
- 承包方需要准备身份证明、土地承包合同、土地承包经营权证（如有）等相关材料。
- 如果土地承包合同或土地承包经营权证遗失或损坏，需要向原发证机关申请补办或换发。
申请确权：
- 承包方应向所在村的集体经济组织或村民委员会提出确权申请，并提交相关材料。
- 集体经济组织或村民委员会应组织人员对申请进行初审，并公示无异议后，报乡镇人民政府农村土地承包管理部门审核。
审核与登记：
- 乡镇人民政府农村土地承包管理部门对申请进行审核，符合条件的，报县级人民政府农村土地承包管理部门登记造册，并颁发土地承包经营权证。
- 登记造册和颁发土地承包经营权证是确权的关键步骤，它们确认了承包方的土地承包经营权，并为其提供了法律保障。
特殊情况处理：
- 如果存在土地权属争议，应先解决争议再进行确权。争议解决方式包括协商、调解、仲裁和诉讼等。
- 如果承包方因特殊原因无法亲自办理确权手续，可以委托他人代为办理，但需提供有效的委托书和受托人的身份证明。
三、注意事项
- 遵守法定程序：确权过程必须严格遵守法定程序，确保每一步都合法合规。
- 保护合法权益：在确权过程中，承包方应积极维护自己的合法权益，如发现确权结果有误或存在侵权行为，应及时向相关部门反映并寻求法律援助。
- 关注政策变化：农村土地承包政策可能会随着时间和形势的变化而调整，承包方应关注政策变化，及时了解并适应新的政策要求。