结论：同一个人在两个村都持有第二轮土地承包合同，原则上不能重复确权，但需结合具体情况判断是否存在例外情形。

1. 法律原则：土地承包权具有身份专属性，不得重复取得

根据《农村土地承包法》第五条，农村土地承包经营权以“户”为单位，与特定农村集体经济组织成员身份绑定。同一自然人若同时属于两个村的集体经济组织成员（如因婚姻、户籍迁移等），理论上可能存在双重成员资格，但土地承包权需以实际承包土地为前提，且需符合“一户一田”或“按户分配”的公平原则。

若该人在两个村均通过合法程序签订承包合同（如因历史遗留问题、户籍未及时迁移等），需进一步审查：

• 合同效力：若两份合同均符合法定程序（如村民会议表决、公示等），可能均有效，但确权时需以实际耕种或管理土地为准；
  
• 土地来源：若两村分配的土地存在重叠（如跨村承包、重复发包），则超出法定承包面积的部分可能被认定为无效，无法确权。

2. 例外情形：需满足严格条件

实践中可能存在以下例外，但需严格审查：

• 政策性跨村承包：如因移民安置、扶贫项目等政策，经县级以上政府批准，允许跨村承包土地的，可依法确权；
  
• 户籍与承包地分离：若该人户籍已迁出原村，但原村未收回承包地，同时在新村取得承包地，需根据《农村土地承包法》第二十七条判断是否符合“承包期内发包方不得收回承包地”的情形，但重复确权仍不被允许，通常需选择其一确权；
  
• 继承或流转取得：若通过继承或流转获得另一村的土地承包经营权，需符合《农村土地承包法》第三十二条（流转程序）或第五十条（继承规定），但继承或流转不改变“一户一田”的基本原则，仍需以实际承包关系为准。

3. 实务建议：如何解决冲突？

若出现重复承包合同，建议按以下步骤处理：

1. 核查户籍与成员资格：确认该人是否同时属于两个村的集体经济组织成员，若户籍已迁移，原村承包地可能被收回；
   
2. 审查合同合法性：检查两份合同是否均经过法定程序（如村民会议表决、公示、签订书面合同等），无效合同无法作为确权依据；
   
3. 协商或诉讼解决：若两村均主张确权，可通过协商划分土地，或向农村土地承包仲裁委员会申请仲裁，或直接向法院起诉确认权属；
   
4. 政策优先：若涉及移民、扶贫等政策性承包，以政策文件为准，优先保障政策目标的实现。

总结：土地承包权确权需以“实际承包关系”为核心，重复合同不必然导致重复确权。若您遇到此类问题，可进一步提供具体细节（如户籍状态、合同签订时间、土地来源等），我将为您分析具体解决方案。